消毒的目的是消滅傳染源散播于外界環境中的病原微生物，切斷傳播途徑，阻止疫病繼續蔓延。羊場應建立切實可行的消毒制度，定期對羊舍(包括用具)地面土壤、糞便、污水、皮毛等進行消毒。

一、羊舍
羊舍除保持干燥、通風、冬暖、夏涼以外，平時還應做好消毒。一般分兩個步驟進行：第一步先進行機械清掃；第二步用消毒液。羊舍及運動場應每周進行消毒一次，整個羊舍用2%-4%氫氧化鈉消毒或用1：1800-3000的百毒殺帶羊消毒。

二、入場
羊場應設有消毒室，室內兩側、頂壁設紫外線燈；地面設消毒池，用麻袋片或草墊浸4%氫氧化鈉溶液，入場人員要更換鞋，穿專用工作服，做好登記；場大門車輛出入設消毒池，經常噴4%氫氧化鈉溶液或3%過氧乙酸等。消毒方法是將消毒液盛于噴霧器，噴灑天花板、墻壁、地面，然后再開門窗通風，用清水刷洗飼槽、用具，將消毒藥味除去。如羊舍有密閉條件，舍內無羊時，可關閉門窗，用福爾馬林熏蒸消毒12-24小時，然后開窗通風24小時，福爾馬林的用量為每立方米空間用25-50毫升，加等量水，加熱蒸發。在一般情況下，羊舍消毒每周1次；每年再進行2次大消毒。產房的消毒，在產羔前應進行1次，產羔高峰時進行多次，產羔結束后再進行1次；在病羊舍、隔離舍的出入口處應放置浸有4%氫氧化鈉溶液的麻袋片或草墊，以免病原擴散。

三、地面
土壤表面可用10%漂白粉溶液、4%福爾馬林或10%氫氧化鈉溶液。停放過芽胞桿菌所致傳染病(如炭疽)病羊尸體的場所，應嚴格加以消毒。首先用上述漂白粉溶液噴灑地面，然后將表層土壤掘起30厘米左右，撒上干漂白粉與土混合，將此表土妥善運出掩埋。

四、糞便
羊的糞便消毒方法有多種，最實用的方法是生物熱消毒法，即在距羊場100-200米以外的地方設一堆糞場，將羊糞堆積起來，噴少量水，上面覆蓋濕泥封嚴，堆放發酵30天以上，即可作肥料。

五、污水
最常用的方法是將污水引入處理池，加入化學藥品(如漂白粉或其它氯制劑)進行消毒，用量視污水量而定，一般1升污水用2-5克漂白粉。