新疆種植的藥材很多，并且年降水量少，分布不均，北疆比南疆大，同時山地比平原多。全省有藥用植物2014種，藥材資源分布阿勒泰山區，位於新疆最北部，屬歐亞草原的一部分，這里的氣溫較低，降水較多，山地植被呈垂直狀分布。
新疆分布的藥材主要有伊貝母、蘆根、甘草、紫草、雪蓮花、新疆黨參、杏仁、馬鹿茸、石膏等，并且非常適合赤芍、麻黃、伊貝母、阿里紅、新疆冬蟲夏草、馬鹿茸、五靈脂、云母的生長。
紫菀
紫菀是一年生草本，根狀莖短，簇生多數細根，外皮灰褐色，紫菀是大宗類中藥材品種之一。其根莖具有很好的藥用價值，具有治風寒咳嗽氣喘，虛勞咳吐膿血之功效。且因其價格近年較平穩，采收后銷路通暢。
北柴胡
北柴胡屬多年生本草植物，按性狀不同，分別習稱北柴胡、南柴胡和大葉柴胡。柴胡是常用解表藥，以干燥的根入藥，有和解表里、疏肝升陽之功效。
夏枯草
夏枯草又叫做麥穗夏枯草、鐵線夏枯草等，為多年生草本植物，因其夏至過后就會立刻干枯而得名。將干燥的果穗入藥，具有清肝瀉火、明目、散結消腫的功效。是我國多種暢銷保健飲品的重要原材料，市場用量巨大。
酸棗仁
酸棗仁為植物酸棗的成熟種子，大多數是野生的，有很好的鎮靜、催眠作用。主要有寧心、安神、養肝、斂汗的功效，深受廣大醫生、患者喜用。
全國各地的酸棗仁均為野生的，因為它們一般都生長于山區，有采摘分散量小、產量低、采摘因難等特點。
苦豆子
苦豆子是比較常見的藥用植物，且有較高的藥用價值和生態功能，是制造醫藥、獸藥、綠色農藥、綠肥和保健藥品的重要原料。
長期以來全國都以野生采收為主，目前市場對苦豆子需求量巨大，遠遠滿足不了國內外，苦豆子加工企業原料缺口。
