葉綠素是葉綠體中的一種色素，含于葉綠體內，主要用于光合作用；而葉綠體是一個細胞器，是包含葉綠素的。所以有葉綠體的一定有葉綠素，有葉綠素的不一定有葉綠體。葉綠素分子是由兩部分組成的，其核心部分是一個卟啉環，另一部分是脂肪烴側鏈，也就是葉綠醇，各種葉綠素之間的結構差別很小。
一、怎樣區分葉綠體和葉綠素
1、據資料顯示，葉綠體是植物細胞中雙層薄膜圍成，含有葉綠素可以進行光合作用的細胞器。葉綠體基質上浮著由膜囊構成的類囊體，含有葉綠體DNA，是一種質體。質體有圓形、卵圓形或盤形三種形態。葉綠體所含葉綠素a、b吸收綠光最少，綠光被反射，葉片呈綠色。容易區分替代的兩種質體——無色的白色體和黃色到紅色的有色體。葉綠素a、b的功能是吸收光能，少數特殊狀態下的葉綠素a可以傳遞電子，通過光合作用將光能轉化為化學能。葉綠體扁球狀，厚約2.5微米，直徑約5微米。具有雙層膜，內有間質，間質含有溶解狀態的酶和片層。片層由封閉的中空盤狀類囊體堆積而成，類囊體是形成高能化合物三磷酸腺苷（ATP）所必需，是植物的“養料制造車間”和“能量轉換站”，能發生堿基互補配對。
2、葉綠素是與光合作用有關的最重要的色素。光合作用是通過合成一些有機化合物將光能轉化為化學能力的過程。葉綠素實際上存在于所有可以創造光合作用的生物中，包括綠色植物、原核藍綠藻和真核藻類。葉綠素從光中吸收能量，然后用能量將二氧化碳轉化為碳水化合物。葉綠素為鎂卟啉化合物，包括葉綠素a、b、c、d、f以及原葉綠素和細菌葉綠素等。
3、簡而言之，葉綠素是葉綠體中的色素，用于光合作用。葉綠體是細胞器，外有雙層膜，內有基質、囊結構，囊結構有葉綠素。葉綠素是色素，不是細胞器。有葉綠體必有葉綠素，但有葉綠素不一定有葉綠體。
二、葉綠素分子結構
1、19世紀初，俄羅斯化學家、色層分析法創始人M.C.茨韋特用吸附色層分析法證明高等植物葉子中的葉綠素有兩種成分。德國H.菲舍爾等經過多年的努力，明確了葉綠素復雜的化學結構。1960年美國R.B.伍德沃德領導的實驗室合成了葉綠素a。到此，葉綠素的分子結構得到定論。
2、葉綠素分子由兩部分構成：核心部分是一個卟啉環，功能是光吸收；另一部分是一個很長的脂肪烴側鏈，稱為葉綠醇（phytol），葉綠素用這種側鏈插入到類囊體膜。與含鐵的血紅素基團不同的是，葉綠素卟啉環中含有一個鎂原子。葉綠素分子通過卟啉環中單鍵和雙鍵的改變來吸收可見光。各種葉綠素之間的結構差別很小。如葉綠素a和b僅在吡咯環Ⅱ上的附加基團上有差異，前者是甲基，后者是甲醛基。細菌葉綠素和葉綠素a不同處也只在于卟啉環Ⅰ上的乙烯基換成酮基和環Ⅱ上的一對雙鍵被氫化。
