1、寄生：草蓯蓉寄生在凱木屬物根上，肉蓯蓉寄生在沙漠樹梭梭根上。2、分布：草蓯蓉分布在朝鮮、日本和中國的陜西等地，肉蓯蓉主要生產于新疆等。3、外形：草蓯蓉株整體接近無毛，肉蓯蓉高大。4、花色：草蓯蓉暗紫色或暗紫色，肉蓯蓉淡黃白或淡紫色。5、環境：草蓯蓉喜陰暗潮濕地，肉蓯蓉喜輕度鹽漬化地。
一、寄生不同
1、草蓯蓉經常寄生在凱木屬物根上。
2、肉蓯蓉是沙漠樹梭梭根寄生的寄生植物，從梭梭寄生主中吸收養分和水分。素有“沙漠人參”的美稱，具有極高的藥用價值，是中國傳統珍貴的中藥材。
二、分布不同
1、草蓯蓉分布在朝鮮、日本、俄羅斯（西伯利亞）和中國的陜西（陜北）、黑龍江、吉林和內蒙古。生長在海拔1500-1800米的山坡、林下低濕度和河邊。
2、肉蓯蓉主要生產于新疆、內蒙古阿拉善盟，甘肅、寧夏也分布。
三、外形不同
1、草蓯蓉株高15-35厘米，整體接近無毛。根莖橫行，圓柱狀，通常有2~3根直立莖。
2、肉蓯蓉是一種高大的草本，高40-160厘米，大部分地下生。莖不分枝或自基部分為2~4根，下部直徑為5-10（-15）厘米，向上逐漸變細，直徑為2~5厘米。
四、花色不同
1、草蓯蓉花冠寬鐘狀，暗紫色或暗紫色，筒膨大成囊狀，上唇直立，接近頭盔狀，長5~7毫米，邊緣短，下唇極短，3裂，裂紋三角形或三角形披針形，長2~2.5毫米，往往向外折疊。
2、肉蓯蓉的顏色有變異，淡黃白或淡紫色，干后經常變成棕色。
五、環境不同
1、草蓯蓉喜歡陰暗、潮濕、低溫的環境條件，沒有這樣的環境條件是沒有草蓯蓉分布的。
2、肉蓯蓉喜生于輕度鹽漬化的松軟沙地，一般生長在沙地或半固定沙丘、干枯老河床、湖盆低地等，生境條件差。適合生長區的氣候干旱，降雨量少，蒸發量大，日照時間長，晝夜溫差大。土壤以灰色沙漠土、沙漠土為主。
