1、別稱不同：黃芩又稱山茶根、土金茶根等。黃芪別稱棉芪、黃耆、獨椹等。2、形態區別：黃芩總狀花序在莖及枝上頂生，花冠紫、紫紅至藍色。黃芪總花序稍密，有10-20朵花，總花梗和葉近等長或較長。3、功效區別：黃芩具有清熱燥濕、瀉火解毒、止血安胎的功效。黃芪具有益衛固表、補氣升陽、托毒生肌的功效。
一、別稱不同
1、黃芩
（1）黃芩又稱山茶根、土金茶根等。
（2）產于黑龍江、遼寧、內蒙古、河北、河南、甘肅、陜西、山西、山東、四川等地。
2、黃芪
（1）黃芪別稱棉芪、黃耆、獨椹、蜀脂、百本、百藥棉、黃參、血參、人銜等。
（2）產中國東北、華北及西北。
二、形態區別
1、黃芩
（1）黃芩為唇形科黃芩多年生草本植物，肉質根莖肥厚，葉堅紙質，披針形至線狀披針形。
（2）總狀花序在莖及枝上頂生，花冠紫、紫紅至藍色，花絲扁平，花柱細長，花盤環狀，子房褐色，小堅果卵球形，花果期7-9月。
2、黃芪
（1）黃芪為豆科黃芪多年生草本植物，羽狀復葉，有13-27片小葉，長5-10厘米，葉柄長0.5-1厘米。
（2）總花序稍密，有10-20朵花，總花梗和葉近等長或較長，至果期顯著伸長，莢果薄膜質，稍膨脹，半橢圓形，長20-30毫米，寬8-12毫米，頂端具刺尖，種子3-8顆，花期6-8月，果期7-9月。
三、功效區別
1、黃芩
（1）黃芩苷味苦、性寒、歸心、肺、膽、大腸經，具有清熱燥濕、瀉火解毒、止血安胎的功效。
（2）主治溫熱病、上呼吸道感染、肺熱咳嗽、濕熱黃膽、肺炎、痢疾、咳血、目赤、胎動不安、高血壓、癰腫癤瘡等癥。
2、黃芪
（1）黃芪味甘，性溫，歸肺經，具有益衛固表、補氣升陽、托毒生肌、利水消腫的功效。
（2）主治氣虛乏力、食少便溏、中氣下陷、久瀉脫肛、自汁盜汗、血虛萎黃、陰疽漫腫、氣虛水腫、內熱消渴等癥。
