1、定義不同：土蜂蜜是特指土蜂采集多種蜜源植物釀制成的蜂蜜，百花蜜是指包含兩種或兩種以上蜜源且任何一種蜜源都不占優勢的蜜種。2、蜂種不同：土蜂蜜由中蜂釀造，百花蜜由意蜂釀造。3、蜜源不同：土蜂蜜的蜜源非常復雜且多變，百花蜜的蜜源較集中。4、價格不同：土蜂蜜產量少、價格高，百花蜜在價格上要便宜很多。
一、定義不同
土蜂蜜是指土蜂（中蜂）采集多種蜜源植物釀制成的蜂蜜，而百花蜜是指包含兩種或兩種以上蜜源且任何一種蜜源都不占優勢的蜜種，從定義上來看土蜂蜜實際上應該算是百花蜜中的一種，但為了區別中蜂釀制的百花蜜和意蜂釀制的百花蜜，人們往往用土蜂蜜來特指中蜂采集多種植物花蜜釀制的百花蜜。
二、蜂種不同
土蜂蜜是由中蜂（中華蜜蜂）釀造的，中蜂是中國本土的蜂種，善于利用零星蜜源，但對大蜜源的收集力不如意蜂，現在市場上的百花蜜大多是意蜂制成的，意蜂是我國引進的優良蜂種，對大宗蜜源有很強的收集力。
三、蜜源不同
土蜂蜜的蜜源種類非常復雜且多變，中蜂的采集對象非常廣泛，擅長利用零星蜜源。也就是說，無論是大蜜源還是零星蜜源，只要在采集范圍內就會采集，意蜂一般只對成片的大蜜源感興趣，幾乎沒有像中蜂那樣采集零星蜜源，所以中蜂制作的土蜂蜜和意蜂制作的百花蜜在蜜源的多少有很大的不同。
四、價格不同
土蜂蜜是目前市場上銷售價格最高的蜜種，其價格高的原因主要有三個，一是土蜂蜜比普通蜂蜜更有營養價值，二是土蜂蜜一般都是中蜂完全釀制成熟的封蓋蜜，三是土蜂蜜產量稀缺導致的物以稀為貴，而意蜂釀制的百花蜜在價格上要便宜得多，甚至可能還比不上某些質量較好且純正的單花蜜。
