概念不同：微生物菌劑是目標微生物通過工業化生產擴繁后，再利用多孔物質作為吸附劑，吸附菌體的發酵液然后加工制作的活菌制劑。微生物菌肥是通過活性微生物的生命活動使作物得到養分的新型肥料生物制品。
含量不同：微生物菌劑菌種的純度非常高，有效活菌數的含量為≥50億/克，微生物菌肥的有效活菌數一般為≥2000萬/克。
一、概念不同
1、微生物菌劑：微生物菌劑是指目標微生物（有效菌）經過工業化生產擴繁后，利用多孔的物質作為吸附劑（比如蛭石、草炭），吸附菌體的發酵液加工制成的活菌制劑。
2、微生物菌肥：是通過活性（可繁殖）微生物的生命活動使作物得到所需養分（肥料）的一種新型肥料生物制品。
二、含量不同
1、微生物菌劑：菌種的純度較高，有效活菌數的含量為≥50億/克。
2、微生物菌肥：有效活菌數一般為≥2000萬/克。
三、用法不同
1、微生物菌劑：作底肥時，用量為4公斤/畝，耕地時均勻撒施；作追肥時，畝用量為1-2公斤；作種肥時可按常規育苗的用量進行拌種。
2、微生物菌肥：作底肥時，畝用1-2公斤本品與農家肥、化肥或細土混勻，然后進行撒施、溝施、穴施；用作沖施時，根據作物類型畝用1-2公斤本品與化肥混勻，然后用水稀釋，隨水沖施。
