補充養分：化肥主要補充氮、磷、鉀等營養元素，而有機肥除補充氮、磷、鉀以外，還可以補充中微量元素。
改善土壤性狀：增施有機肥可以有效改善土壤物理性狀及結構，增加土壤膠體的數量及品質，提高土壤的保肥供肥能力。
一、水稻增施有機肥的原因
1、稻田連年種植，每年不但要從土壤中吸收走大量的氮、磷、鉀元素和一定量的鈣、鎂、硫、鐵等元素，而且還要吸收少許的氯、鋅、錳、硼、銅、鉬等微量元素，大量的多種營養元素被吸收，還有一部分被淋溶損失，僅靠無機肥料補充遠遠不可滿足水稻生產需要，必須實行有機肥料和無機肥料搭配施用。
2、施用有機肥料，不僅可直接為水稻提供各種豐富的養分，而且還能在土壤微生物對有機物質的分解過程中，使一部分有機質起腐殖化作用，合成土壤腐殖質，這對改善土壤物理性和結構，增加土壤膠體的數量與品質，提高土壤保肥供肥能力方面有非常大效果。
二、水稻增施有機肥的好處
1、有機肥原料來源廣，可以就地取材，就地積制，只花工夫，不需投入多少資金，可節省化肥，降低生產成本。
2、有機肥含有多種營養元素，除含氮、磷、鉀等大量元素外，還含有許多作物所需的中量元素和微量元素，能給水稻提供的所需營養，特別是提供微量元素營養。同時能提高稻米的品質和適口性。
3、有機肥含有機質和腐殖質，能改良土壤結構，協調土壤的水、肥、氣、熱，增強土壤的通氣透水能力和保肥、保水、供肥、供水能力。
4、有機肥含有生長素、維生素、胡敏酸和氨基酸等有機物質，對水稻營養生理和生物化學過程能起特殊作用，還能提供二氧化碳氣體供水稻光合作用之用。
5、有機肥緩沖性大，可緩和土壤酸堿性變化，可或減輕鹽堿類土壤對水稻的危害。
6、有機肥適用性廣，對各類土壤及各種農作物都適用。
