紅薯屬于多汁類農產品，由于薯塊皮薄，水份多，組織嫩脆，容易撞傷，所以紅薯比其它糧食難于貯藏，貯藏紅薯應該使窖溫保持在10－14℃，相對濕度保持在80－90%，不使紅薯表皮出現明水，并適當通風。具體做法如下：
入窖前準備：入窖前對薯塊要嚴格挑選，有病斑的，蟲咬的、收運過程碰傷的薯塊都不能入窖。經過嚴格挑選的薯塊，用50%的多菌靈可濕性粉劑或40%多菌靈膠懸劑500倍液，將配好藥液倒入大缸或大鍋中，再把薯塊裝到筐里浸入藥液中，上下提動使薯塊都均勻浸藥后提出，淋去多余藥液即可入窖，防效可達95%以上。
前期管理：在薯塊入窖20天左右，由于薯塊呼吸旺盛，淀粉向糖轉化顯著，窖內溫度升高，水分也多，病菌發展較快，特別是黑斑病。這一時期應以通風散熱為主，要敞開窖口和通氣孔，把窖溫控制在15℃以下。
中期管理：進入寒冬季節，紅薯生理活性減弱，呼吸趨緩，窖內溫度和濕度變化速度減慢。隨著氣溫的下降，窖內溫度也相應下降。這時應及時封窖保溫，使窖溫保持在10－14℃的安全范圍內。若溫度繼續下降10℃時，要用麥草，稻草覆蓋薯堆，做好保溫防凍。
后期管理：立春之后，隨著氣溫的逐漸回升，地瓜的生理活性開始增強，此期應適當敞窖通風，降溫排濕，以防發芽或腐爛。
