棉花一般存放在專業的棉花儲備庫內，目前國內的棉花儲備庫房有磚混倉和鋼板倉兩種。儲存庫要求交通便利、防火、通風、防潮、防霉變等，特別是防火，棉花儲備庫都是特級防火單位。
一般來說棉花應庫內堆垛存放，庫外存放要蓋苫布。棉垛下要打好墊基（枕木或石塊），堆垛時包應平放，上下層交叉壓縫。垛與垛之間應留出必要的通道。 棉花庫區要設立氣象觀測百葉箱，每棟庫房都要配備溫濕度計。保管員應每天查庫，測量溫濕度，并做好記錄。根據天氣的變化和庫內外溫濕度差異，應適時采取通風散濕或關閉倉庫等措施。一般庫內溫度應保持在30℃以下，最高不得超過35℃，相對濕度不得超過70％，保管中的棉花含水率不得超過10％。 棉花在正常的儲存條件下，保質期較長，但由于棉花內含有一定的水份，在高溫的情況下，尤其是溫度超過35℃時，顏色可能會發生變化，出現自然變異，進而影響到棉花的品級。據有經驗的棉花倉庫保管員分析，棉花的自然變異呈“S”形，即開始變異較慢，中間一段時間變異較快，過了一定時間以后，其變異速度又變緩。
一般來說，符合國標規定水份的（含潮率不超過10.5％）新棉花放置在正常保管的倉庫內，夏熱高溫前一般不會發生自然變異，但夏天來臨后，由于溫度升高、濕度增大等原因，可能會引起棉花自然變異，使新棉花在一個棉花年度內平均下降一個等級，并且品級越高，越穩定，品級越低，質量越不穩定，越容易發生自然變異。
