殺菌機理不同：使用百菌清后可以在植物葉片形成一層保護膜，葉片上的病菌接觸藥劑后就可以和細胞里面的酶結合，破壞酶活力，使真菌細胞的代謝破壞死亡。使用多菌靈后藥劑可以被作物的根、莖、葉吸收，然后在植株體內進行傳導，并通過韌皮部傳輸到植株的各個部位，使細胞分裂中斷死亡。
百菌清：百菌清的施藥方法很單一，有噴霧和制成煙劑熏煙。多菌靈不僅利于作為噴霧使用，還可以用于拌種，土壤處理。
一、殺菌機理不同
1、百菌清
（1）百菌清是一種廣譜性殺菌劑，沒有內吸性，以觸殺作用為主，是一種保護性殺菌劑，對多種病害起預防和保護作用，沒有治療作用。
（2）噴施后能在植物葉片上形成一層保護膜，葉片上的病菌接觸藥劑后能與細胞中的各種酶結合，破壞酶的活力，使真菌細胞的代謝受到破壞而喪失生命力，達到殺滅病菌的目的。
2、多菌靈
（1）多菌靈是一種廣譜性殺菌劑，具有很好的內吸傳導作用，是一種具有保護和治療作用的殺菌劑，對多種真菌病害有很好的保護和治療作用。
（2）噴施后藥劑能被作物的根、莖、葉吸收，并在植株體內傳導，并通過韌皮部傳輸到植株的各個部位，通過干擾病原菌有絲分裂中紡錘體的形成，使細胞分裂中斷，起到殺菌作用。
二、施藥方式不同
1、百菌清
百菌清由于不具有內吸性，施藥方法比較單一，主要用于噴霧和制成煙劑進行熏煙。
2、多菌靈
（1）多菌靈由于具有很好的內吸性，能被植株的根、莖、葉等部位吸收，因此，施藥方法多樣。
（2）多菌靈不但能用于噴霧，也可用于拌種，土壤處理等多種施藥方式。
三、抗藥性不同
1、百菌清
百菌清主要是在葉片上形成保護膜，在作物表面與病菌細胞中的酶結合，達到殺菌的作用，不易誘發病菌產生耐藥性。
2、多菌靈
多菌靈由于持效期較長，在植株體內能長時間存在，就很容易使病菌產生耐藥性，從而產生抗藥性。
四、持效期不同
1、百菌清
百菌清噴施后主要在作物葉片上形成一種保護膜，達到防治病害的目的，在雨水沖刷、陽光照射等作用下，保護膜很容易破裂，保護作用也就沒有了，持效期一般只有7天左右。
2、多菌靈
（1）多菌靈內吸性好，能被植株吸收并在體內傳導，并長時間在植株體內存在，因此，能持續殺菌，持效期一般在15天以上。
（2）如果用于拌種和土壤處理被根系不斷的吸收持效期更長，一般可達50天以上。
