綠頭野鴨的骨骼結構具有致密、輕而堅實的特點，以有利于飛翔、支持和保護機體器官。綠頭野鴨全身骨骼依其所在部位可分為軀干骨骼、頭部骨骼和四肢骨骼。
( l ）綠頭野鴨軀干骨骼
綠頭野鴨的軀千骨由伸屈自如的頸椎、結合強固的胸椎、愈合完全的腰薦椎和可動的尾椎組成。
頸部由14 ～ 16 個頸椎構成乙狀彎曲，使頸部靈活伸展轉動，便于啄食、警戒和用嚎梳理羽毛、銜取尾脂腺分泌物以滋潤羽毛。
胸部由胸椎、肋骨和胸骨組成，胸椎有9 個，胸骨長而寬，胸腔大，橫斷面呈橢圓形。每一肋骨都和椎骨骼呈直角連結，以利于胸腔的擴大。
腰薦骨由11～14 個骨塊愈合而成，同時腰薦骨兩側還與骼骨連結，形成翅膀或后半部堅固的支架，以適應飛翔的需要。
( 2 ）綠頭野鴨頭部骨骼
頭部骨骼分為腦顱和面顱兩部。腦顱圓形，內有腦和聽覺器官；面顱位于腦顱前方，呈鈍圓的長方體。綠頭野鴨的篩骨垂直板闊寬，伸展到鼻腔后部，鼻骨較小，淚骨呈闊三角形，腭骨粗而短。
( 3 ）綠頭野鴨四肢骨骼
綠頭野鴨前肢由于適應飛翔而演變成翼。肩胛骨較長，烏喙骨與肩胛骨形成的夾角幾呈直角。鎖骨兩側愈合成U 形。臂骨很長，翼靜止時，其遠端可達髖關節，骨盆帶長。脛骨更長，比股骨約長一倍。
綠頭野鴨的顱骨、肱骨、鎖骨、胸骨、腰椎骨和薦椎等可通過氣囊進行呼吸。同時在繁殖期內，當母鴨鈣攝入量減少時，其髓質骨為蛋殼形成提供現成的鈣源，滿足母鴨的生理需要。
