麝鼠極愛以水生植物為食，其幼芽、嫩枝、綠葉、果實及塊根、塊莖類都是上好的食物。陸生的野草、野菜及木本植物的幼嫩部分及果實也是很好的食物。栽培作物如蔬菜、瓜果，糧食作物的莖葉以及谷物、豆類的種子等是重要的精料及補飼食物。
麝鼠以草類食物為主，動物性食物吃得很少，一般只在植物性飼料不足或繁殖季節、麝鼠發生疾病期間需要補飼時，才偶爾吃些小型動物，如河蚌、田螺、雜魚、泥鰍等。
麝鼠的食物來源廣泛，一般并不發生季節性短缺，但不同季節的食物麝鼠，還是有不同的適口性。在越冬期、產仔泌乳期，由于活動減少，在放養的情況下，麝鼠出動時往往一次性大量采集食物，貯藏在洞道的“糧倉”里，貯倉內一般是十分清潔干燥的，所以貯存的食物很少腐爛變質，可以存放很長時間。在家養的圈舍中沒有專門的“糧倉”，一般它們把食物貯存在小室或走廊的角落里。麝鼠體型小，食量也不大，一般日采食量相當于其體重的40%～50%，即平均每只每天吃植物飼料0.25～0.5公斤；谷物種籽25～50克就夠了。夏天相對吃的多一些，冬天少些。
除采食新鮮的飼料外，麝鼠也有吃軟糞的習慣，將自己新排出的糞便重新吃進去進一步消化吸收其中的營養成分，如蛋白質、無機鹽、維生素等。
