首先，全面檢修窩室，堵塞漏洞，抹嚴縫隙，以防凜冽的寒風吹進窩舍，以保證麝鼠安全越冬。
其次，備好冬貯菜和干草，采收后的冬貯菜要晾曬，防止腐熟變質，直到上凍時方可上堆保存了。冬貯菜可以選大頭菜、胡蘿卜、大白菜、卷心菜等，為防寒御冷要貯備干草，以供墊窩越冬用。
第三，搞好種鼠的選優工作，挑選毛色光亮、無殘缺、眼睛黑亮、眼圈睫毛正常、尾巴全齊無傷痕、鼻不發炎、不流涎、性情溫順、神態活潑、食欲良好、毛色接近、個體相近、年齡接近的成齡鼠作種鼠。
第四，對于那些淘汰種鼠和落選鼠要列入商品鼠進行飼養，商品鼠的饋養要投喂全價飼喂。
第五，要及時將群居的幼鼠選種配對或單放飼養。天氣漸冷，麝鼠長至500-700克體重時，就開始擇偶分居，此時如不及時分開，勢必造成咬傷咬死。凡配對的種鼠，要選擇一個新籠舍，同時投入水池中，然后鼠從“水封洞”口進入窩室，使其組成家庭，以便越冬。
第六，天氣沒有完全變冷時，也要根據情況每日換一次水或隔日換一次水，要堅持放水直到上凍結冰為止。不能過早停止水池供水，以防麝鼠發生紅眼病。
總之，秋末冬初時的管理要照顧麝鼠群體老、中、幼、小各個年齡層次，管理復雜，飼養全面，因此，要綜合考慮才不至于顧此失彼，造成不應有的損失。
