在孔雀養殖的過程中，進行消毒是預防疾病的最好方法，所以要對孔雀養殖環境、雀舍、用具、水體等進行消毒，盡可能杜絕細菌與病菌：

（1）環境消毒：藍孔雀舍周圍每2～3個月用火堿液消毒或撒生石灰1次，場周圍及場內污水池、便糞炕、下水道出口。每1～2個月用漂白粉消毒1次。

（2）藍孔雀舍消毒：消毒程序大致是：清除、清掃、沖洗、干燥、第一次化學消毒、10%石灰粉刷墻壁和天棚、移入已清洗的籠具等設備并維修、第二次化學消毒、干燥、甲醛已熏蒸消毒。清掃、沖洗、消毒要細致認真，一般先頂棚、后墻壁再地面。從藍孔雀舍遠離門口的一邊到靠近門口的一邊、先室內后環境，逐步進行，不允許留死角或空白。清掃出來的糞便、灰塵要集中處理，沖出的污水，使用過的消毒液要排放到下水道，面而不應隨便堆置在藍孔雀舍附近，或讓其自由漫流，對藍孔雀舍周圍造成新的人為環境污染。第一次消毒，要選擇堿性消毒劑，如1%至2%燒堿、10%石灰乳。第二次消毒，選擇常規濃度的氯制劑、表面活性劑、酚類消毒劑、氧化劑等用壓噴霧器按順序噴灑，第三次消毒用甲醛熏蒸，熏蒸時要求藍孔雀的濕度70%以上，10度以上，消毒劑量為每立方米體積用福爾馬林42毫升加42毫升水，再加入21克高錳酸鉀。1～2天后打開門窗，通風晾干藍孔雀舍。各次消毒的間隔應在前一次清洗、消毒干燥后，再進行一次消毒。

（3）用具消毒：蛋箱、蛋盤、孵化器、運雛箱可先用0.1%新潔爾或0.2%～0.5%過氧乙酸消毒，然后在密閉的室內于15～18℃溫度下，用甲醛熏蒸消毒5～10小時。藍孔雀籠先用消毒液噴灑，再用水沖洗，侍干燥后再噴灑消毒液，最后在密閉室內用甲醛熏蒸消毒。工作人員的手可用0.2%新潔爾滅水清洗消毒，忌與肥皂共用。

（4）飲水消毒：指預先在另外的容器內調制成稀釋液然后放入飲水器或飲水槽讓藍孔雀飲用。實施飲水消毒，可以大大減少水中細菌、病毒、蟲卵的數量，減少傳染病的發生，據測定，在高溫的夏季，貯水可飲水器在一晝夜間，1毫升水中的細菌可增至2億多個；在10月份為35萬個左右。在結冰的冬季，1毫升水中仍有5.4萬個細菌存在。水中病原菌主要為傷寒桿菌、副傷寒桿菌、巴氏桿菌、痢疾桿菌、大腸桿菌、結核副嗜血桿菌等。水中病毒主要有胃腸炎病毒、皰疹病毒、輪狀病毒以及引起新城疫的副粘病毒等。此外，水中還有球蟲、蛔蟲、異刺線蟲卵等。目前經有關部門檢驗許可使用的消毒劑主要有：氯劑、碘劑、溴劑、陽離子與兩性離子表面活性劑。但藍孔雀發病時，實施飲水消毒并不能起到治療作用，這時必須投其他類藥物才奏效。

（5）種蛋消毒

（6）帶藍孔雀消毒：指在藍孔雀整個飼養期內定期使用有效消毒劑對藍孔雀舍內和藍孔雀體表噴霧。以殺滅或減少病原微生物，達到預防性消毒的目的，帶藍孔雀消毒要先擇高效廣譜，無毒無害，腐蝕性小，而粘附性較大的消毒藥。常用的消毒藥有新潔爾、百毒殺、過氧酸、次氯酸鈉、復合酚。