海貍鼠靠體表散熱的方式來調節體溫，故能耐受35～40℃的高溫，但耐寒能力卻很差。如氣溫低至-10℃以下，海貍鼠的活動量明顯減少，體溫也比正常值低2～5℃；而遇到高溫天氣時，體溫則會比正常值增加3～5℃。
在正常狀態下，海貍鼠的體溫為37～38℃，心跳頻率為70～80次/分，呼吸頻率為45～55次/分。當海貍鼠在水中游泳或潛水時，為了防止體溫下降，血管處于反射性應激狀態，心率降至正常心率的1/4，甚至達到1/10～1/20。因此，即使海貍鼠在水中劇烈活動，其物質代謝也不明顯增加。
根據吉林省延邊特產研究所測這，成年海貍鼠主要生理常值為：體溫（37.22±0.56）℃，呼吸頻率（26.6±2.61）次/分，心率（175.2±30.71）次/分，紅細胞數（6.278±0.4138）x 10的12次方/升，白細胞數（9.49±2.6738）x 10的9次方/升，血紅蛋白質（139±6.5）克/升，血凝時間（1.46±0.06）分。
海貍鼠共有20顆牙齒。其消化系統發達，消化道全長6～7米，是體長的10～12倍。食物在成年鼠的消化道內停留的時間為60～70小時，在幼鼠的消化道內停留的時間較短。
