（一）種內關系
1.集群自然界或是在飼養池中，經常可觀察到鱷龜集群取食、集群“曬背”“群住”和繁殖季節的“一夫多妻”現象。集群對于鱷龜的野生群體順利完成生命周期的各個環節以及防御敵害起著重要作用。工廠化鱷龜養殖環境同樣存在著集群現象。
2.殘食與爭斗鱷龜的種內關系另一方面為食物關系。在有限的水體中，由于鱷龜的密度較大，食物匾乏、水質惡化或人工養殖條件下的分選、捕撈、噪聲等環境壓力，常使鱷龜相互撕咬殘食，即使剛孵出的稚鱷龜也有此習性。因此，及時分養、降低放養密度是防止相互殘食的有效措施。
在生殖季節，雌雄比例不適當是鱷龜繁殖爭斗的主要原因。在自然界里，鱷龜的雌雄比例為1：1 ，交配期為爭取交配權，雄鱷龜間往往激烈爭斗，引起咬傷甚至死亡。因此，人工養殖親鱷龜雌雄比一般以（2-3 ) : 1 為宜。
（二）與其他生物的關系
鱷龜與其他動植物以及微生物的關系主要表現為營養關系，彼此相互依存、相互制約。鱷龜捕食其他生物，其他生物也同時捕食或寄生鱷龜而成為鱷龜的敵害。
1.食物關系浮游動物、水生維管束植物、底棲動物、水生昆蟲、甲殼類、魚類都直接或間接地成為鱷龜的餌料。稚鱷龜以水搔、水絲繃、搖蚊幼蟲、蠅蛆等為食物，幼鱷龜、成鱷龜則以螺、蚌、蝦、魚以及動物尸體及內臟等動物性飼料為食。當動物性飼料缺乏時，鱷龜也會攝食瓜類、谷類、水生植物，甚至殘食同類。了解鱷龜在自然界的食物關系，要求在工廠化養殖條件下，應盡量做到食物品種的多樣性，確保鱷龜的營養需求，以利于鱷龜的快速生長，避免同類殘食。
2.敵害、寄生關系鱷龜的敵害主要有鼠、鳥類、蛇類等，它們多危害鱷龜卵及稚、幼鱷龜。細菌、真菌以及原生動物的累枝蟲，環節動物的蛙類，節肢動物的蠟類及扁形動物的吸蟲等也常成為鱷龜的病原體，它們寄生于鱷龜體，引起各種疾病，對稚、幼鱷龜的危害更為嚴重，在工廠化養殖條件下，要隨時注意加強清除敵害，更要定期殺滅寄生生物，確保鱷龜養殖生產的順利進行。
