鱷魚真的會流眼淚，只不過那并不是因為它傷心，長期以來人們認為鱷魚這是在排泄體內多余的鹽分。海龜、海蛇、海蜥等一些海洋爬行動物和一些海鳥身上，都有鹽腺長在眼眶附近。鹽腺使這些動物能將海水中多余的鹽分去掉，從而得到淡水。所以，鹽腺是它們天然的“海水淡化器”。所以人們認為鱷魚流淚也是這個原因。鱷魚腎臟的排泄功能很不完善，體內多余的鹽分，要靠一種特殊的鹽腺來排泄。鱷魚的鹽腺正好位于眼睛附近。

但這只是猜測。到了1970年，才有生物學家去檢測鱷魚眼淚的成分，發現灣鱷魚在海水中生活一段時間后，其眼淚的含鹽量有所增加。這似乎證明了鱷魚的眼眶有和海龜一樣的鹽腺，于是被寫入動物學專著和教科書。但是另一方面，這個實驗表明，鱷魚眼淚的含鹽量比海龜、海蛇等海洋爬行類的鹽腺分泌物的含鹽量明顯要低，說明鱷魚的代謝功能遠比其他動物完善，因此也有生物學家（包括做這個實驗的人）認為，否定不了鱷魚眼眶有鹽腺的假說。

這場爭論在1981年結束。那一年，澳大利亞悉尼大學的塔普林（Laurence E. Taplin）和格里格（Gordon C. Grigg）注意到，灣鱷的舌頭表面會流出一種清澈的液體，他們懷疑這才是鱷魚鹽腺的分泌物。但是液體分泌的速度太慢，無法收集進行分析。他們給鱷魚注射鹽水刺激鹽腺分泌，也不成功。最后，他們采用的辦法是給鱷魚注射氯醋甲膽堿——以前的實驗已表明，給其他海洋爬行動物注射氯醋甲膽堿能刺激鹽腺的分泌。鱷魚舌頭上果然不停地分泌出液體，能夠用針筒收集來分析鈉、氯、鉀離子的含量并測定滲透壓。他們同時也搜集了鱷魚的眼淚作為比較。結果發現，這些分泌液的鹽分比血鹽濃度高得多，大約是其3～6倍，滲透壓則是血液滲透壓的3.5倍，和海水的滲透壓相當。而眼淚的鹽分雖然也升高了，但只是血鹽濃度的2倍左右。隨后，他們對鱷魚舌頭做了解剖，在舌頭的黏膜上發現了鹽腺，其構造和其他海洋爬行動物的鹽腺，特別是海蛇舌下的鹽腺很相似。此后，其他人的研究也都證實了這個發現。

如此看來，鱷魚是通過舌上分泌液而不是眼淚來排泄鹽分的。那么，鱷魚的眼淚起什么作用呢？鱷魚通常是在陸地上待了較長時間后才開始分泌眼淚，是從瞬膜后面分泌出來的。瞬膜是一層透明的眼瞼，鱷魚潛入水中的時候，閉上瞬膜，既可以看清水下的情況，又可以保護眼睛。瞬膜的另一個作用是滋潤眼睛，這就需要用到眼淚來潤滑。

鱷魚吃東西的時候是不是真的會流淚。佛羅里達大學的動物學家肯特·弗列特（Kent Vliet）2007年在鱷魚飼養場觀察、拍攝了4頭凱門鱷、3頭短吻鱷在陸上進食的情況，發現其中的5頭的確會邊吃邊流淚，有的甚至眼睛會冒泡沫。它們吃的是像狗食一樣的加工食品，當然犯不著為這些食物哭泣。弗列特推測，這是因為鱷魚進食時伴隨著吹氣，壓迫鼻竇中的空氣和眼淚混合在一起流出來。

鱷魚流淚是在排鹽的仍在教科書、科普讀物、知識競賽中的理由還是很科學嚴謹的。