雖然鱷龜生命力很強且無大病，但有時偶見小病，且有傳染性，所以要注意經常觀察，飼養中如發現疾病要及時防治，一旦有異，要對癥下藥。下面介紹幾種常見疾病的防治方法。
一、外傷炎癥
由于鱷龜體態壯碩，皮膚較嫩，如水池粗糙時易擦傷皮膚，有時運輸中也會因互相抓傷而引起細菌感染發炎。可用雙氧水對傷口消毒，涂上紅藥水或紫藥水，也可搽消炎藥膏，然后離水干養幾天即愈。如沒有及時發現而炎癥內侵，可選用四環素、螺旋霉素、先鋒霉素拌飼料喂治。用量為每500克龜服用人一次用量的二分之一，連用3天。
二、腸胃炎
如夏季飼喂不潔或喂食腐敗變質飼料易引起腸胃炎。龜嘔吐、拉稀便、水瀉均是此癥。有此病的龜食欲不振，食量明顯下降，如不及時治療，可引起個別龜脫水死亡。可喂氟哌酸，每500克龜1天用半粒，也可注射氯霉素或慶大霉素，每天一次，每500克龜用0。2克，并對池水消毒和做好病龜隔離飼養工作。
三、消化不良癥
長期大量投喂過量飼料或耐消化食物，招致龜貪吃后引進消化受阻，甚至造成部分龜拒食。所以飼料不要單一，要多樣化。如發生消化不良，首先要改投鮮、軟、香味飼料引導食欲，并對病龜灌服多酶片溶液，每500克龜一次1粒，也可用其他有助消化的藥物如酵母片等。不要過量喂以蠶蛹、肥肉等高脂肪食物，否則時間一長導致脂肪代謝不良癥后會增加治療難度。
四、感冒癥
初春或初冬天氣多變，如飼養管理不當，少數龜會有感冒發生，特別是溫室內通風不良而又突然降溫時容易發病。癥狀是龜呼吸有聲、鼻孔阻塞、介有流粘液或結痂現象，有的流眼淚，甚至口中發聲。如發生感冒，可在飼料中加入先鋒霉素和病毒靈喂之，每500克龜每天用量半粒。如有喉炎，可用西瓜霜粉劑噴入龜口內，每天2次，一般連用3天~4天可愈。嚴重時，可注射抗菌素。
五、水霉病
水霉病是由一種水中真菌引發的疾病。冬季不見陽光或水質不良時，易引起真菌寄生至龜體上，有時秋季、春季也發生。此病發生時，可見龜脖子四周及四肢甚至甲殼上有白色絲狀粘物，此病也叫水綿病。水霉病對大龜影響不是很大，但對小龜有可能造成死亡。治療方法是：用萬分之一孔雀石綠溶液浸洗病龜15分鐘，也可用食鹽水浸洗病龜。
