大雁蛋產出后往往被糞便、墊草污染，蛋殼表面的細菌和微生物大量繁殖，通過蛋殼、殼膜上的氣孔進入蛋的內部，會影響胚胎的正常生長發育。種蛋存放時間越長，細菌和微生物在蛋殼表面繁殖就越多，胚胎感染疾病的機會就大。
1.高錳酸鉀溶液浸泡消毒法
將高錳酸鉀配成0.01%-0.05%的水溶液置于大盆內，將種蛋放人盆內浸泡2~3分鐘(水溫保持在40℃左右)，并洗去污物，取出晾干后貯存或人孵。用此種方法消毒較好，對操作人員的毒副作用也小，建議此種方法為首選。
2.新潔爾滅溶液浸泡消毒法
用0.1%的新潔爾滅時溫水溶液(水溫保持在40℃)浸泡種蛋1~2分鐘，撈出瀝干，放在貯蛋室貯存或人孵。此種方法操作簡便易行，且對人體危害小，對環境也無污染，在實踐中比較常用。但注意在使用新潔爾滅時，切忌將肥皂、碘、高錳酸鉀、升汞和堿等物質摻人，以免藥液失效。新潔爾滅能使細菌蛋白質凝固、變性，從而破壞細菌的代謝過程，達到滅菌的效果。
3.百毒殺噴霧消毒法
百毒殺是含有嗅離子的雙鏈四級胺化合物，對細菌、病毒、霉菌等均有消毒作用，沒有腐蝕性和毒性。孵化機與種蛋消毒，可在每10升水中加人50%的百毒殺3毫升，進行噴霧消毒。
4.新潔爾滅噴霧消毒法
取5%的新潔爾滅原液，加50倍40℃的溫水，配成0.1%的消毒液，用噴霧器噴灑在種蛋表面，約經5分鐘藥液干燥后，即可人孵或送入蛋庫。該溶液切忌與肥皂、堿、高錳酸鉀等配用，以免失效。
5.碘溶液消毒法
在1干克水中加人10克碘片和15克碘化鉀，使之完全溶解，然后倒入9千克清水中，攪拌均勻。將種蛋放在碘溶液內浸泡約1分鐘，洗去污物，也可殺死蛋殼上的雜菌。注意:溶液溫度應保持在40℃;碘溶液使用后，濃度會降低，為確保消毒效果，應適當增加新配溶液或延長浸泡時間。
6.福爾馬林浸泡消毒法
將福爾馬林(含40%甲醛)配成1.5%的溶液，種蛋在其中浸泡2~3分鐘，取出濾干即可人孵。要注意溶液溫度應保持在40℃左右。
7.福爾馬林熏蒸消毒法
先將清洗的種蛋擺放在架上，置于密閉容器內，下面放一瓷盆或碗，按每立方米體積20毫升福爾馬林、10克高錳酸鉀的藥量計算，將二者混合，利用反應產生的煙霧，殺死病原體，達到消毒的目的。操作時一定要先放高錳酸鉀，后放福爾馬林。人員要迅速離開，關好門。密閉熏蒸20~30分鐘后將蛋取出。
尤其要注意，此種消毒的方法中藥品高錳酸鉀和福爾馬林反應非常劇烈。另外，還要牢記這兩種物質的放入秩序。如果先放福爾馬林液體，后倒入高錳酸鉀，反應物有飛濺到人身體上的危險，會對人體造成傷害。反應產生的氣體對人體也有毒害作用。因此，人不要再消毒室內停留。此種方法雖然消毒效果好，但操作時需加倍小心。
