主要病變部位在回腸下段的集合淋巴結和孤立淋巴濾泡。胃腸炎型患者的腸道病變顯著而廣泛，且多侵及結腸。副傷寒丙的腸道病變不明顯，腸壁可無潰瘍形成，但體內其他臟器常有局限性化膿病變，可見于關節、軟骨、胸膜和心包等處。
病毒感染 此類患者起病較急，多伴有上呼吸道癥狀，常無緩脈、脾大或玫瑰疹，副傷寒的病原與血清學檢查均為陰性，常在1～2周內自愈。
斑疹傷寒 流行性斑疹傷寒多見于冬春，地方性斑疹傷寒多見夏秋。一般起病較急，脈搏較速，多有明顯頭痛。第5～6病日出現皮疹，數量多且可有出血性皮疹。外斐反應陽性。治療后退熱比傷寒快。
鉤端螺旋體病 本病有疫水接觸史，臨床表現有眼結合膜充血，全身酸痛，尤以腓腸肌疼痛與壓痛為著，腹股溝淋巴結腫大等；外周血白細胞數增高。確診有賴于相關的病原學及血清學檢查。
急性病毒性肝炎 副傷寒并發中毒性肝炎易與病毒性肝炎相混淆，但前者肝功能損害較輕，有黃疸者黃疸出現后仍發熱不退，并有副傷寒的其他特征性表現，且肝炎病原學及血清學檢查均為陽性。
布氏桿菌病 患者有與病畜(牛、羊、豬)接觸史，或有飲用未消毒的乳制品史。本病起病緩慢，發熱多為波浪型，退熱時伴大汗，并有關節痛或肌痛等癥狀。病程遷延，易于復發。確診須有血液或骨髓培養出病原體、布氏桿菌凝集試驗陽性。
急性粟粒性肺結核 患者多有結核病史或與結核病患者密切接觸史。發熱不規則，常伴盜汗、脈搏增快、呼吸急促等。發病2周后Χ線胸片檢查可見雙肺有彌漫的細小粟粒狀病灶。
敗血癥 少部分敗血癥患者的白細胞計數不增高，可與傷寒混淆。敗血癥多有原發病灶，熱型多不規則，常呈弛張熱，伴寒戰，無相對緩脈。白細胞總數雖可減少，但中性粒細胞升高，血培養可分離出致病菌。
其他 瘧疾、惡性組織細胞病、風濕熱以及變應性亞敗血癥等，有時需進行鑒別。
