在魚病的診斷過程中，要注意現場調查、目檢和鏡檢三者的有機結合,根據經驗和檢查結果進行綜合判斷，為魚病的防治提供科學的依據。在魚病的檢查中還應注意以下幾方面的問題：
1.現場調查暴發性死魚
在進行現場調查時，如果發生暴發性的大批死魚,一般依“急劇缺氧-農藥或工業廢水污染-暴發性流行性魚病-人為投毒”的思路去分析魚類的死亡原因。
2.病檢時一定要用活的或剛死亡的養殖對象檢查
有許多疾病的癥狀在活的或剛死亡的魚體上很明顯,但死亡過久的魚，各器官、組織腐爛變質,原來所表現的病癥難以辨別。并且寄生在魚體表或體內的病原體，常會隨著魚的死亡很快消亡。如果病魚死亡時間較長,病原體往往改變形狀，或完全崩解腐爛。因此，檢查診斷魚病時，要求用活的或剛死亡的魚。
3.要保持魚體濕潤
如果魚體干燥，有些癥狀會變得不明顯，甚至根本無法辨認；寄生在魚體表的病原體，也會很快死去或崩解，無法診斷。因此，用作檢查的病魚不可讓它在空氣里干燥,應放在水桶里（最好用原池的水），或用濕布包裹。
4.分離出魚的內部器官，要保持器官的完整和濕潤
當把各個器官取出時，要小心操作，不要把器官的外壁弄破,特別是腸、膽囊等,以防內含物和病原體外流，污染其他器官,影響對疾病診斷的正確性。同時，要小心地把器官分離，分放在解剖盤內或其他干凈的器皿內，并保持各個器官的濕潤。
5.用過的工具要清洗干凈后再用
對某一條魚，甚至同一條魚的不同器官接觸過的用具，要洗干凈后才可在另一條魚或另一個器官上去操作，這是為了避免解剖工具把病原體從一條魚帶到另一條魚.或從一種器官帶到另一種器官上，避免把病原體寄生部位搞錯而影響對魚病的正確診斷。
6.一時無法診斷的疾病要保留標本
在檢查過程中，對每個器官要先用肉眼仔細觀察，如果發現有病原體，可以用鑷子或者解剖針把它分揀出來，放到器皿內，并標明來自于哪一個器官；如果用肉眼無法判定時，可以用鏡檢；如果鏡檢仍然無法判定的，應把這部分組織保存起來，以便進一步作病原檢查。
