大閘蟹無公害養殖不宜多用藥物，特別是高毒、高殘留藥物要禁用。在治病上應做到對癥下藥，綜合治療，對不能確定病癥的大閘蟹不能亂下藥，以免造成藥害。
1.爛鰓病：病蟹腹部及附肢腐爛，肛門紅腫，活動遲緩，攝食量下降，導致死亡。防治：在大閘蟹捕撈及運輸過程中防止創傷；潑灑新鮮生石灰，使池水濃度成15微升/升，每7天一次，連續2~5次。
2.水腫病：病蟹腹部、腹臍及背殼下方腫大透明，匍伏邊緣，停止攝食，最后在周邊淺水處死亡。防治方法，用0.5~1微升/升土霉素或呋喃西林遍池潑灑；按每千克蟹用0.1~0.2克土霉素或紅霉素，拌餌投喂，每7天為一療程。
3.蛻殼不遂病：病蟹背甲后緣與腹部交界處出現裂縫，因不能蛻去舊殼而死亡。防治方法：每立方米水體用10克左右生石灰化漿遍池潑灑，在飼料中添加甲殼素和蛻殼素。
4.纖毛蟲病：病蟹體表長滿許多棕色或黃綠色絨毛，行動遲緩，數天內大量死亡。防治方法：換水或加注新水，保持水質清新；用10微升/升福爾馬林潑灑消毒。
5.聚縮蟲病：蟹體污物較多，蟹臍內有白色點狀蟲體，病蟹活動及攝食能力逐漸減弱，導致死亡。防治方法：用5~10微升/升福爾馬林全池潑灑。
6.蟹奴寄生病：蟹奴寄生存蟹的腹部，以吸收蟹的體液為生。蟹奴寄生嚴重的病蟹肉味惡臭，不可食用。防治方法：發現蟹奴寄生，可用0.5微升/升的硫酸銅和0.2微升/升硫酸亞鐵混合劑遍池潑灑。
