其實，大黃魚與小黃魚外形雖相似，但有各不相同的形態特征。大黃魚，體長橢圓形側扁，一般體長30厘米～40厘米，尾柄細長，其長度為高度的3倍多。它的頭大而側扁，背側中央枕骨棘不明顯。頦部有4個不明顯的小孔，背鰭和臀鰭的鰭條基部三分之二以上披小圓鱗，背鰭起點在胸鰭的上方。
小黃魚，體長圓形，側扁,尾柄長為其高的2倍。頭大，口寬而傾斜，上下頜略相等。下頜無須，頦部有6個細孔。上下頜具細牙，上頜外側及下頜內側牙較大，但無犬牙；腭骨及犁骨無牙。頭及身體被櫛鱗,鱗較大，側線上鱗5～6個;背鰭及臀鰭鰭條膜上有2/3以上被小圓鱗。臀鰭鰭條少于10。鰾側管2小分支平行但不相等，呈一長一短管狀。
大黃魚、小黃魚雖同屬石首科魚類。但大黃魚屬黃魚屬、而小黃魚屬小黃魚屬。大黃魚是暖水性近海魚類，通常生活在淺海區域的中下層，而小黃魚為近海中下水層魚類。大黃魚肉細嫩鮮美，每百克肉含蛋白質17.6克，脂肪0.8克；小黃魚肉質堅實，口感粗為蒜瓣肉，不如大黃魚的肉鮮美，每百克魚肉含蛋白質19.3克、脂肪3.2克。
這兩種魚都有藥用價值，大黃魚的耳石有清熱去瘀活血的作用；小黃魚的魚鰾可治產后腹痛，同樣大黃魚的魚鰾有潤肺健脾的作用，小黃魚的魚肉主治腎炎浮腫。因此，不能把小黃魚誤認為大黃魚。且這兩種種魚的市場價格懸殊很大，目前寧波市場一條500克以上野生大黃魚每500克價60元～80元，人工養殖大黃魚每500克價35元～38元，而一條500克以上的小黃魚每500克價僅10元～12元，差價好幾倍。
