由于受生態條件、氣象因素等影響，棉花苗期病蟲具有種類多，發展快，危害重的特點，經常會造成棉田缺苗斷壟，嚴重時大片死亡。發生的病害主要有黑根病、紅腐病、立枯病、炭疽病、棉蚜、地老虎等。防治時應當適時科學用藥進行綜合防治。
1.農業措施：棉花栽培應選用優質、高產、耐病品種適期播種；其次要加強管理，增施基肥，早間苗、及時定苗，旱季加強灌水，雨后要深中耕、以提高地溫，降低土壤濕度，增強土壤通氣；三要凈化棉田及棉田四周雜草，減少病蟲源數量。
2.早防苗病：棉苗在初發病期可選用50%多菌靈可濕性粉600倍或70%甲托可濕性粉800倍噴霧防治；發病較重的田塊可用40%多菌靈膠懸劑或65%代森錳鋅可濕性粉劑隔一周噴一次，連噴2次。
3.科學治蚜：夏收后大量天敵從麥田遷飛到棉田，此時可減少化學農藥的使用，充分發揮天敵對蚜蟲的控制作用。蚜蟲發生嚴重時，可用10%吡蟲啉可濕性粉劑1500倍液或50%抗蚜威可濕性粉劑1000倍液噴防，同時注意交替用藥，減緩抗性產生。
4.防治地老虎：在棉田有老虎危害時，可用50%的辛硫磷50克對水1公斤噴拌在5公斤炒香的麥麩或碎棉籽餅上，制成毒餌，傍晚順壟撒施，誘殺幼蟲；或用20%速滅殺丁1500倍液或50%辛硫磷1500倍液或用800倍功夫加800倍敵殺死噴霧防治。
