甘薯在貯藏過程中最大的問題是爛窖。一旦爛窖，輕則會降低甘薯的品質，重則會導致全窖甘薯爛掉，造成不同程度的損失。甘薯爛窖多由生理性病害和侵染性病害所致。生理性病害主要是在溫度不夠合適時發生，如果窖溫長期低于10℃，易發生冷害，引起爛窖。如果窖溫長期高于20℃，則有利于弱寄生菌侵染和黑斑病擴展蔓延，從而引起爛窖。侵染性病害可分為兩類：一類是大田已經發生，又在貯藏期間繼續蔓延的病害，如黑斑病、莖殘病等；另一類是貯藏后又發生的病害，如軟腐病、青霉病等。
預防甘薯爛窖應采取如下技術措施：
一、謹慎建窖。薯窖宜建在背風向陽，土壤結實、干燥的地方。要求薯窖保濕、通風，檢查、管理方便，不易倒塌。舊窖使用前應噴灑1.5%的福爾馬林液消毒。要求收薯前提早建窖。
二、適時收獲。為避免凍害和冷害，應在輕霜前趁晴天收獲。當天割蔓，當天刨薯，當天晾曬，當天入窖。收獲過程中需輕放、輕裝，以減少薯塊創傷。
三、貯前挑選。入窖前要仔細挑選，徹底剔除病薯、傷薯和霉爛薯。貯藏量以占窖容量的2/3為宜。窖大薯少不保溫，窖小薯多溫度高，濕度大，易發生軟腐病。
四、調溫管理。入窖初期保持窖溫20℃左右，注意通風透氣。一周后窖溫維持在12℃～15℃，這是甘薯貯藏期的最適宜溫度。隨著氣溫下降，適時封閉窖口，加蓋覆蓋物，使窖面最低溫度不低于10℃。在窖上設一小孔，插一溫度計，隨時觀察窖溫。早春隨著氣溫的升高，及時減少覆蓋物，逐步加大通風管，避免窖溫過高或過低。
