溫室消毒
在扦插前，對溫室進行消毒十分有效。
消毒方法：
(1)溫室框架消毒，應用磷酸三鈉、硫磺、福爾馬林等殺蟲、殺菌消毒劑噴霧或熏蒸溫室內的鋼筋支架、走道及四周塑料膜；
（2）土壤、基質消毒，應用福爾馬林、溴甲烷、夏季自然高溫消毒土壤、基質；
（3）滴灌系統消毒，應用硝酸、福爾馬林溶液對滴頭、滴管、砂濾器、母液罐沖洗、浸泡消毒；
（4）蓄水池消毒，清除池底雜物、污泥、清水沖洗水池，然后用福爾馬林或其他消毒劑消毒蓄水池。
生態防治
通過對溫室內溫度、濕度的調控，使溫室的氣溫保持在夜間15℃~18℃，白天25℃左右，晝夜溫差不超過10℃，這樣可以將溫室的相對濕度控制在90%%以下，南方紅豆杉扦插苗葉面則不會產生水膜，病原菌就無法侵入葉組織導致發病。采用加熱技術是控制溫室內溫度、濕度的有效措施之一。
栽培管理
適時整枝、打老葉，防止因枝葉過密，造成有利于病害傳播、發生的小氣候環境；及時清除病蟲殘枝、殘葉，保持溫室內的清潔，盡可能地減少引發病蟲害的病菌源、蟲源；嚴格制定、執行生產操作規程，杜絕操作人員、參觀人員以及生產用具成為病蟲害的傳播者。
生物防治
它是應用微生物制劑和捕食性或寄生性的有益昆蟲（即天敵）控制南方紅豆杉扦插苗病蟲害的技術：應用殺蟲素等生物殺蟲劑防治蚜蟲、葉螨等害蟲；使用食蚜癭蚊、桃蚜繭蜂、智利小植綏螨等天敵控制南方紅豆杉扦插苗等害蟲。
藥劑防治
在上述四種防治技術的基礎上，如果莖腐病、白絹病、蚜蟲仍有發生危害，可選擇化學農藥或生物農藥防治1~2次。
