選擇抗病、耐病品種，種植抗枯萎病棉花品種種植是防治枯萎病最有效的方法，提倡與水稻輪作，預防效果明顯，還可與禾本科作物小麥、玉米、谷類、綠肥等輪作。當地溫度在20℃左右開始出現棉花枯萎病，地溫上升到25-28℃時為發病高峰期，地溫超過33℃時病原菌的生長發育受到抑制或暫時隱癥。
一、棉花枯萎病的防治方法
1、選擇抗病、耐病品種，種植抗枯萎病棉花品種種植是防治枯萎病最有效的方法。
2、提倡與水稻輪作，預防效果明顯，還可與禾本科作物小麥、玉米、谷類、綠肥等輪作。
3、無病區使用的種子不能從病區引調，不能使用病區未經熱榨的棉餅，防止枯萎病傳入，可施用酵素菌漚制的堆肥或腐熟有機肥。
4、做好田間管理工作，發現零星病株后，要立即清除，帶到田外深埋或燒毀。
5、科學施肥，增加有機肥料，如嘉有皇輔天黃腐酸有機-無機混合肥料（10-10-10），按氮磷鉀配方施肥，培育健壯植株，提高棉花抗病能力，減輕危害。
6、噴灑黃腐酸葉面肥2-3次可有效減少整個生長期黃萎病的發病概率。
7、發病初期用生命源黃腐酸有機水溶肥料灌根、克黃枯、甲基托布津等農藥，加1%尿素水噴霧防治。
二、發病原因
1、當地溫度在20℃左右開始出現棉花枯萎病，地溫上升到25-28℃時為發病高峰期，地溫超過33℃時病原菌的生長發育受到抑制或暫時隱癥。
2、地勢低洼、土壤粘重、偏堿、排水不良或偏施、過施氮肥或施用了未充分腐熟帶菌的有機肥或根結線蟲多都是棉田發病重的重要原因。
