多菌靈的使用方法有很多，通常是用來給植物消毒、處理傷口或是噴灑到葉面上。像是新購買的植物，在上盆前就可以用多菌靈來為它進行消毒。這樣可以防止它在種植到花盆中后，出現腐爛或是細菌感染等情況。
另外，多菌靈可以進行拌種使用。多菌靈有很強的內吸效果，可以在種子表面形成保護層。這樣拌種之后能有效預防作物的立枯病、紋枯病、枯萎病等病害。一般推薦使用50%的多菌靈可濕性粉劑50-100g拌種30斤！
藥土拌種
用50%多菌靈可濕性粉劑，每50公斤種子用成藥0.15-0.25公斤（按有效成分計算為0.075-0.125公斤），將藥粉與細干土2.5-5公斤混勻，配成藥土。
比如我們拌種的是花生種子，可以先用水淘洗潮濕，然后再分層與藥土拌和。注意要使每粒花生種子都均勻沾上藥土，拌藥土后可立即播種。
藥液拌種
用50%多菌靈可濕性粉劑，每50公斤花生種子用成藥0.15-0.25公斤，加清水2公斤配成藥液。然后用噴霧器分別噴灑在花生種子上，使每粒花生種子都均勻地沾上藥液，晾干后即可播種。
藥液浸種
用50%多菌靈可濕性粉劑，每50公斤種子用成藥0.15-0.25公斤，加清水30公斤配成藥液。浸泡花生種子50公斤，冷浸24小時，中間翻動2-3次，浸泡后即可播種。
