水田作物：若為稻草還田的田塊，每畝地使用0.5kg的EM發酵液制成稀釋液漚田。若無沒稻草還田，每畝地使用10kg的EM發酵稀釋液用于發酵堆肥施入土中。
旱地作物：土壤表面均勻噴灑0.2%EM菌發酵稀釋液。
葉菜類作物：每畝使用70-200kg的EM菌肥堆肥，翻入土中。
瓜菜類作物：種植前30天，使用EM菌500-1000倍液噴灑土壤表面。
一、大田作物
1、水田作物（主要為水稻）：對于有肥田草和稻草還田的田塊，每畝地使用0.5kg的EM發酵液制成的500kg稀釋液漚田。對于沒有肥田草和稻草還田的田塊，每畝地使用10kg的EM發酵稀釋液用于發酵堆肥。
2、旱地作物（包括麥類、豆類、薯類和草本油料、棉、麻類等）：耕翻整理土地時，每畝地撒施50kg的EM菌發酵堆肥，入土20cm左右，或者是在土壤表面均勻噴灑一次0.2%EM菌發酵稀釋液。
二、蔬菜作物
1、葉菜類作物（包括菠菜、生菜、油菜、白菜、萵苣）：每畝地使用70-200kg的EM菌肥堆肥，耕翻時翻入土中。
2、瓜菜類作物（包括黃瓜、西瓜、冬瓜、南瓜、絲瓜）：在種植前30天左右，使用EM菌稀釋制成500-1000倍噴灑土壤表面再進行耕翻，然后在種植前，每畝地施加200-300kgEM菌發酵堆肥，入土20cm深。
3、果菜類作物（包括辣椒、西紅柿、茄子、豆角）：在種植前30天左右，每畝地使用2-3kg的EM菌發酵稀釋液，然后按照1：1000的比例兌水噴淋地面并進行耕翻。15天后，每畝地施加300kgEM菌發酵堆肥，埋入土壤中。
三、果樹類作物
在秋季采果(葉)后和春季芽膜萌動前分別施加一次，每次每畝地施加50kg的EM菌發酵稀釋液堆肥作基肥。
