預防番茄葉霉病、斑枯病等病害，應選擇溫湯浸種的方法。營養土配制時施入的肥料充足，整個苗期可以不施肥。齊苗后，苗床的溫度不可太高，以便幼苗生長健壯，增強耐寒性、抗病能力。苗期一般不需要澆水，必須澆水時，應選擇晴天中午。不要讓幼苗見光不足，不要忽視病蟲害的預防。
一、種子消毒
預防番茄葉霉病、斑枯病、早疫病、潰瘍病等病害，應選擇溫湯浸種的方法，即將種子放入55℃的熱水中，邊攪拌邊浸種15分鐘，然后在30℃的溫水中浸泡4～5小時后撈出，在30℃環境中催芽。為了預防病毒疾病，可以用10%的磷酸三鈉溶液浸泡20分鐘，然后用清水催芽。
二、苗床土消毒
在播前床土澆水后，用72.2%的普力克水劑500~600倍液噴灑苗床，每平方米噴灑2~4公斤，或多菌靈消毒，每1000公斤床土用50%多菌靈可濕性粉劑25~30克，處理時將多菌靈配成水溶液，噴灑在床土上，拌勻后用塑料薄膜嚴密覆蓋，一般2~3天就能殺死土壤中的枯萎病等多種病原菌。
三、早施基肥
營養土配制時施入的肥料充足，整個苗期可以不施肥，如果發現幼苗葉片顏色變淡，出現缺肥癥狀時，可噴灑少許質量有保證的磷酸二氫鉀500倍液。
四、溫度調控適當
齊苗后，苗床的溫度不可太高，以便幼苗生長健壯，增強耐寒性、抗病能力。“兩葉一心”期間切忌苗床的保溫措施跟不上，若溫度持續偏低的話，花芽的分化會受到阻礙，早春落花落果會變得嚴重，影響早期的產量，晴天中午，苗床的溫度容易偏高。此時，為了防止幼苗因溫差變大而枯萎或死亡，要避免苫大通風。
五、不要使床濕度過大
苗期一般不需要澆水。必須澆水時，應選擇晴天中午，澆水時應使用溫水。不要澆太多水以防造成苗床過大，導致爛眼、僵苗和病害孳生。施藥后，為了防止苗床濕度過大，可以撒上草木灰或細干土吸濕。
六、不要讓幼苗見光不足
在幼苗越冬的階段，經常遇到陰天，外部溫度低，不少菜農不敢揭開草簾，造成幼苗多天沒有見光，因營養不良而影響幼苗花菜的形成和發育。要增加光照，要經常保持覆蓋物的清潔，草簾盡量早揭晚蓋。陰天也要正常地揭蓋草簾，盡量增加光照的時間。
七、不要忽視病蟲害的預防
苗期容易發生立枯病、猝死病等。發病初期，先拔除病苗，然后及時噴藥保護，防止蔓延。
八、不要不煉苗而定植
在定植前5~7天，幼苗需要有一個煉苗過程，來提高幼苗的抵抗力，適應定植后的環境。切忌不煉苗直接定植，以防定植后環境不適，造成定植后緩苗慢、死苗現象嚴重。
