1、炭疽病：選擇土層深厚，排水良好的沙質壤土栽培。2、角斑病：加強苗期管理，套種豆科植物。3、灰色膏藥病：調整林木密度，對病老株合理修剪，去掉病老枝。4、綠尾大蠶蛾：應避免與其他林木藥材混栽，在成蟲發生期使用黑光燈誘殺。5、大蓑蛾：人工摘除蟲囊。6、山茱萸蛀果蛾：及時清除早期落果。
一、炭疽病
1、危害特征
炭疽病又名黑斑病、黑果病、黑疤痢。幼果發病（果炭蛆）多從果頂侵入，病斑從果頂向下擴展，病部黑色，邊緣紅褐色，病斑逐漸擴展到全果，果實黑干收縮，多不脫落。成果發病，病斑最初是棕紅色的小點，病斑逐漸擴大成圓形或橢圓形的黑色凹陷病斑，病斑邊緣是紅褐色，外圍有紅色的暈圈。病原菌侵害葉片（葉炭蛆），最初是紅褐色的小點，之后擴展成褐色的圓形病斑，直徑約為1~4毫米，病斑邊緣為紅褐色，周圍有褪色的暈圈，病斑經常穿孔脫落。果炭疽病發病盛期為6~8月，葉炭疽病發病盛期為5~6月。
2、防治辦法
選用土層深、排水良好的沙質壤土種植，不可過密，加強管理，病期少施氮肥多施磷鉀肥，促進植株健壯，提高植株抗病能力，減輕危害。清除落葉、病僵果深埋或燒毀，減少感染源。發病初期用1：2：200波爾多液噴灑。
二、角斑病
1、危害特征
角斑病主要危害葉片和果實。葉片發病，初期葉正面出現暗紫紅色小斑點，病斑邊緣不明顯，只有表皮細胞變色，葉片背面無癥狀，果實發病，銹褐色圓形小點，直徑1毫米左右，病斑數量多時，連接成片，使果頂部呈銹褐色，只侵害果皮，病斑不深入果肉。從5月發病，一直危害到10月末，7月是發病高峰。
2、防治方法
加強苗期管理，套種豆科植物，減少壯株，去除病葉，通風透光，減少侵染病源，增加磷鉀肥和農家肥料，提高植物抗病能力，5月份樹冠噴灑1：2：200波爾多液保護劑，每10~15天1次，連續3次，或者噴50%可濕性退菌特800~1000倍液。
三、灰色膏藥病
1、危害特征
灰色膏藥病一般發生在20年以上的老樹樹干或枝條上，病斑貼在枝干上形成不規則的厚膜，像膏藥一樣，所以被稱為膏藥病。土壤貧瘠、排水不良、土壤濕度大、通風透光性差、植物生長弱時發病嚴重。
2、防治方法
加強養護管理，調整林木密度，密度過大的要進行去弱留壯，去小留大，用來調節光照條件，提高植物的抗病能力，合理修剪病老植物，去除病老樹枝，更新植株，保留內膛發出的生長枝，逐漸更換病重枝干，減少病原來源，用刀刮菌絲膜，在病部涂波美5度石硫合劑或石灰乳，在伴生病菌的介殼蟲發生期樹冠噴灑敵敵畏乳油1000倍液防治，發病初期噴1：1：100的波爾多液保護，每隔10~14天1次，連續多次。
四、綠尾大蠶蛾
1、危害特征
綠尾大蠶蛾又稱水青蛾、燕尾蛾、大青蟲。幼蟲取食葉片，引起半透明的斑點、孔洞和缺刻，嚴重時可以把全葉吃光，高齡幼蟲還可以吃葉柄，對山茱萸藥樹的正常生長、藥材產量和質量有很大影響。通常發生在5月中旬~10月上旬。
2、防治方法
山茱萸藥樹應避免與楓楊、榆樹、核桃、杜仲、牡丹、芍藥等其他林木藥材混合栽培，有利于管理和預防，在成蟲發生期間，用黑光燈誘殺，發病初期可用90%晶體敵百蟲800倍液噴霧，產卵盛期人工取卵或幼蟲盛發期人工捕捉。
五、大蓑蛾
1、危害特征
大蓑蛾又稱大袋蛾、皮蟲、避債蛾、袋袋蟲、布袋蟲。幼蟲以吃葉為主，也可以吃嫩枝和幼果。吃葉子的時候可以咬成孔洞、缺刻，甚至把葉片吃光只剩下枝條，嚴重影響開花結果和藥材生長。8、9月幼蟲進入高齡暴食階段，危害嚴重。
2、防治方法
人工摘除蟲囊，注意保護幼蟲盛期90%結晶敵百蟲800~1000倍，注意保護幼蟲期和蛹期各種寄生性和捕食性天敵鳥類、寄生蜂、寄生蠅等。
六、山茱萸蛀果蛾
1、危害特征
山茱萸蛀果蛾又名石棗蟲、萸肉蟲、藥棗蟲。其幼蟲在果實中將果肉蛀成縱橫蟲道，蛀牙的果實中堆滿蟲糞，其危害隨著果實的成熟而惡化。9月下旬-10月上旬，果實成熟為危害高峰期。
2、防治方法
及時清除早期落果，果實成熟時，及時采收，可減少越冬蟲口基數，用2.5%敵百蟲粉劑處理樹干周圍的土壤，可以起到殺蛹和入土幼蟲的目的。
