透骨草莖稈直立，四棱形，為綠色或淡紫色，葉片呈卵狀長圓形、卵狀披針形、卵狀橢圓形至卵狀三角形，長3-11cm，寬2-8cm，穗狀花序生于莖頂及側枝頂端，花通常多數，疏離，出自苞腋，在序軸上對生或于下部互生，花冠呈漏斗狀筒形，長6.5-7.5mm，為藍紫色、淡紅色至白色，瘦果狹橢圓形，包藏于棒狀宿存花萼內。
一、透骨草莖葉部位外觀
1、透骨草為多年生草本植物，高30-80cm。莖稈直立，四棱形，不分枝或于上部有帶花序的分枝，分枝叉開，呈綠色或淡紫色，遍布倒生短柔毛或于莖上部有展開的短柔毛，少數近無毛。
2、葉片對生，呈卵狀長圓形、卵狀披針形、卵狀橢圓形至卵狀三角形或寬卵形，草質，長3-11cm，寬2-8cm，先端漸尖、尾狀急尖或急尖，稀近圓形，基部楔形、圓形或截形，中、下部葉基部常下延，邊緣有5至多數鈍鋸齒、圓齒或圓齒狀牙齒，兩面散生但沿脈被有較密的短柔毛。每側4-6條側脈，葉柄長0.5-4cm，被短柔毛，有時上部葉柄極短或無柄。
二、透骨草花朵部位外觀
1、穗狀花序生于莖頂及側枝頂端，被微柔毛或短柔毛。花序梗長3-20cm，花序軸纖細，長10-30cm。苞片呈鉆形至線形，長1-2.5mm，小苞片2，生于花梗基部，與苞片同形但較小，長0.5-2mm。花通常多數，疏離，出自苞腋，在序軸上對生或于下部互生，具短梗，蕾期時直立，開放時斜展至平展，花后反折。花萼呈筒狀，有五縱棱，外面常被有微柔毛，內面無毛，萼齒直立。花期萼筒長2.5-3.2mm，上方萼齒3，呈鉆形，長1.2-2.3mm；下方萼齒2，三角形，長約0.3mm。
2、花冠呈漏斗狀筒形，長6.5-7.5mm，為藍紫色、淡紅色至白色，外面無毛，內面于筒部遠軸面被短柔毛。筒部長4-4.5mm，口部直徑約1.5mm，基部上方直徑約0.7mm。檐部2唇形，上唇直立，長1.3-2mm，先端2淺裂，下唇平伸，長2.5-3mm，3淺裂，中央裂片較大。雄蕊4，著生于冠筒內面基部上方2.5-3mm處，無毛。花絲狹線形，長1.5-1.8mm，遠軸2枚較長。花藥呈腎狀圓形，長0.3-0.4mm，寬約0.5mm。雌蕊無毛。子房斜長圓狀披針形，長1.9-2.2mm。花柱細長，長3-3.5mm。柱頭2唇形，下唇較長，長圓形。
三、透骨草瘦果部位外觀
瘦果狹橢圓形，包藏于棒狀宿存花萼內，反折并貼近花序軸，萼筒長4.5-6mm，上方3萼齒，長1.2-2.3mm。種子1，基生，種皮薄膜質，與果皮合生。
