近年來，隨著抗蟲棉的全面種植，棉田用藥量和用藥次數明顯減少，但農田生態和氣候條件使棉花主要病蟲害的發生種類和程度呈現較大變化，棉蚜、棉葉螨、枯黃萎病、棉盲蝽成為棉田主要病蟲害嚴重影響了棉花產量和品質的提高。
一、棉花苗期病蟲害主要以立枯、猝倒病為主，在苗期低溫、多雨、重茬、播種過早等因素是棉苗病多發的重要原因。棉苗根病初發時，及時用40%多菌靈膠懸劑+新高脂膜800倍液、65%代森鋅可濕性粉劑+新高脂膜800倍液或36%棉枯凈可濕粉劑10-15克/畝，兌水15公斤順棉苗莖桿噴霧，間隔5-7天，再噴一次。
二、棉蚜:苗蚜發生在出苗到現蕾以后當卷葉率達30%以上時開始防治6月中旬-7月下旬是棉蚜為害盛期可選用10%吡蟲啉可濕性粉劑+新高脂膜800倍液或15%金好年乳油+新高脂膜800倍液進行莖葉均勻噴霧。蕾鈴期伏蚜發生時由于溫度高可選用3%啶蟲脒乳油2000倍加40%毒死蜱1200倍++新高脂膜800倍液防治蚜蟲兼治其它害蟲。棉株封行后，還可用80%敵敵畏乳油+新高脂膜800倍液，晴天無風的傍晚撒于棉壟間，對伏蚜效果較好并可兼治棉花紅蜘蛛。
三、棉葉螨:5月上旬開始在棉花田點片出現此時氣溫較低繁殖速度慢單葉螨量較少棉苗受害較輕。6月初-7月下旬氣溫很快上升棉葉螨開始大量繁殖集中危害干旱年份為害猖獗。可選用15%掃蟲螨凈乳油+新高脂膜800倍液、或1.8%阿菌素+新高脂膜800倍液進行噴霧防治。
四、棉盲蝽：近年，棉盲蝽對棉花的為害逐年加重，化學防治時期在6月中下旬，此期棉花植株比較幼嫩，如遇多雨，棉田相對濕度大的氣候條件，有利于棉盲蝽的危害，該時期是防治關鍵期，可選用40%久效磷乳油+新高脂膜500倍液涂莖防治。在棉花蕾期、在鈴期，可選用5%啶蟲咪乳油+新高脂膜800倍液倍或4.5%高效氯氰菊酯乳油+新高脂膜800倍液噴霧防治效果較好同時兼治棉鈴蟲。
