復合肥：見效時間快，肥效持效期不如有機肥，使用方便，養分含量高，但養分比例固定且不全面，使用后容易破壞土壤酸堿平衡。
有機肥：見效時間慢，肥效持效期長，使用較為麻煩，養分含量較低，但養分全面，使用后可以改良土壤，提高土壤保水、保肥、透氣性能
一、生效速度及肥效時長
1、復合肥一般在施加后10天左右見效，肥效持續期較長，大約為60-90天左右。
2、有機肥一般在施加后30天左右見效，肥效持續期長，大約為6-8個月左右。
二、使用方便程度
復合肥一般無需經過任何處理就可以直接使用鵝，而有機肥在使用之前，一般需要經過腐熟發酵處理，將混雜其中的病菌及蟲卵滅殺干凈后方能使用，若未經過腐熟發酵處理就立即使用，不僅容易傳播病蟲害，同時肥料在適宜環境下會進行發酵，從而產生大量的熱量，并大量消耗土壤中的氧氣，從而導致燒根、燒苗現象發生。
三、養分
1、復合肥養分含量較高（其中高濃度復合肥養分總含量在40%及以上，中濃度復合肥養分總含量為30-40%左右，低濃度復合肥養分總含量為25-30%左右），但是養分比例固定且不全面。
2、有機肥養分含量較低，但是養分較為全面，含有豐富的有機物以及各種營養元素。
四、對于土壤的影響
1、復合肥長期使用后，容易破壞土壤酸堿平衡。
2、有機肥和土壤環境有很好的相容性，不會對土壤造成污染，并且有機肥能夠對土壤進行改良，幫助形成穩定的團粒結構，活化土壤中的有益微生物（比如固氮菌、氨化菌、纖維素分解菌、硝化菌等），提高土壤的吸收性能、緩沖性能和抗逆性能。除此之外，有機肥還能提高土壤保水、保肥、透氣性能以及調節土壤溫度的能力。
