一、實行輪作，控制土壤傳播
實行輪作，防病效果較好。種菜上規模的農戶，應把菜田分成3－5區，實行分區輪作。面積小，也要把田地分成兩區，隔年種瓜。輪作期間有條件的地方最好能種一年的水稻或水生作物，或種植如蔥蒜等能分泌殺菌物質的作物，避免種植與瓜類有相近病害的作物。若實行育苗移栽，育苗地應選用多年未種過瓜的田地，袋裝育苗更應使用無瓜類病害的肥土。還應注意清理瓜田，集中燒毀病株殘體。若用瓜藤漚肥，最好實行高溫堆漚，殺滅病菌；用瓜藤水漚成的肥不用在瓜田上。蚜蟲是病毒病的傳播者，應避免在瓜田旁種植易滋生蚜蟲的作物。
二、改進施肥技術，重視有機肥
生物肥料與常規肥料的混合漚
(浸)后使用，不但可提高肥效，而且通過有益微生物的大量增殖，提高土壤有效養分，使根際有益微生物的比例大大提高，從而增強對病菌的拮抗能力，抑制其致病力。通過在蔬菜、果樹上多年示范推廣，果滿多生物有機肥和科卡西生物有機肥與農家肥共同作底肥，以及與糞尿肥共浸萎作多次追肥(配施部分化肥)，不但肥效好，苗期及成株枯萎病、疫病發病率可很明顯降低(以輪作為前提，配合化學防治)。
除生態肥外，高品質復合肥能提供冬瓜必須的N、P、K，使有機肥的長效和化肥的速效相結合。冬瓜P、K營養臨界期在苗期，因此基肥中必須含有足夠的磷和鉀。國產洋豐復合肥和日本住商復合肥經多年示范使用，對作物豐產豐收有明顯效果。特別是住商復合肥，兼具速效和長效功能，肥料利用率高。
不少瓜田前期死苗不多，但到瓜蔓上棚(架)后，死株猛然增多，甚至達50％以上。其原因是在高溫多雨條件下與不當施用氮肥有關。已總結出的經驗是：不要在大雨前施，也不要在雨后立即施；偏施過濃的速效氮肥，容易引起枯萎病和疫病。對過酸的土壤，施用石灰中和土壤酸性有助于提高抗病力。
冬瓜需肥量大，三元素中對鉀的需求最大。開花結果后，在追施高品質洋豐、住商等復合肥基礎上，葉面噴施富萬鉀、普羅丹等高鉀葉面肥2－3次，可以有效補充根部吸收的不足，并提供冬瓜所需的多種微量元素。
三、高畦排水，選用抗病品種
冬瓜植株生長旺盛，葉片大，瓜大高產量，消耗養分和水分均多。但冬瓜、節瓜又不耐浸，多雨季節瓜田水分過飽和漚根，會引發多種病害。筑高畦，保證排水暢通是高品質高產量的基本要素；結瓜期間保證均勻澆(淋)水，對于瓜的正常生長也很重要。時干時濕，瓜形不正，品質差甚至停止發育。
