冬瓜貯藏的適宜溫度在10℃左右，相對(duì)濕度在70—75%之間，要求較好的通風(fēng)。由于這些貯藏條件在自然條件下很容易實(shí)現(xiàn)，因此常采取窖藏或室內(nèi)貯藏。冬瓜在通風(fēng)庫內(nèi)或棚窖內(nèi)可以碼垛，也可以上架貯藏，碼垛前地面一層干凈的細(xì)沙或稻草、秸稈，再在上面擺放冬瓜。一般碼成1—3個(gè)瓜厚的長(zhǎng)條垛。
冬瓜擺放時(shí)一般要求和田間生長(zhǎng)時(shí)的狀態(tài)相同，即原來是臥底生長(zhǎng)的要平放，原來是搭棚直立生長(zhǎng)的要瓜蒂向上直立放。冬瓜可采取兩個(gè)一疊品字形堆放，這樣壓力小、通風(fēng)好、瓜垛穩(wěn)固。直立生長(zhǎng)的瓜柄向上只放一層。貯藏前期冬瓜含水量大，產(chǎn)生呼吸熱多，要加強(qiáng)通風(fēng)散熱和排濕；后期要加強(qiáng)保溫，防止受凍。貯藏后期溫度降低容易受凍是多數(shù)冬瓜不能繼續(xù)貯藏的主要原因之一。整個(gè)貯藏期間一般不要翻動(dòng)，但要勤檢查，發(fā)現(xiàn)病瓜立即剔除。
