徐聞菠蘿原料供給不夠穩定
雖然徐聞菠蘿采摘后的商品化處理、加工綜合利用及市場營銷日益受到重視，初步形成以罐頭加工為主打產品的產業化經營鏈條，但是綜合利用率還是太低，這就直接導致了鮮果原料供應不足。相關菠蘿果汁加工企業普遍反映了“吃不飽”的現象。據相關產業的負責人透露，因為菠蘿的量不夠加工，一年的工作有大半年是在休息，無事可做，這也間接導致了利潤的流失。
徐聞菠蘿深加工有待進一步發展
徐聞的菠蘿企業對于菠蘿葉、菠蘿纖維的加工綜合利用率低，僅開發出襪子、涼席等初級產品，這與該產業尚未形成完整的產業鏈有關，研究成果還處于試驗階段。個別企業已開始提取、生產菠蘿蛋白酶，這在國內尚屬于稀缺行業，雖然前景可觀，但目前還處于初期階段，年產量十分有限。
徐聞菠蘿缺乏足夠的競爭力
徐聞菠蘿產業缺乏國際綜合競爭力主要表現在以下幾個方面：
1、產品質量檔次低。我縣曲界鎮菠蘿的主要出口品種是糖水菠蘿罐頭，大部分只屬中、低檔產品，賣價一般較高檔產品每噸低100美元左右。鮮果產品由于種植品種和保鮮、貯運等條件的不配套，至今仍沒有實現批量出口。
2、缺少優質鮮果原料。我縣種植的品種大多屬不大符合加工要求的皇后類巴厘種和菲律賓種，加工果汁出汁率低而且果酸含量達不到歐美國家消費者的要求，加工罐頭又不能生產檔次最高的全圓大徑菠蘿片，產品檔次較低。
3、出口企業生產規模還較小，沒有形成規模效益。
4、加工業機械化水平低。主要生產環節大都是人工操作或半機械化作業，不僅加工效率低、成本高而且產品質量尤其是衛生指標受到較大影響。
