一、消毒不徹底
一般情況下畜牧場的消毒方法有3種，即帶畜（噴霧）消毒、飲水消毒和環境消毒。這3種消毒方法可分別切斷不同病源的傳播途徑，相互不能代替。
帶畜消毒
可殺滅空氣中、畜體表面、地面及屋頂墻壁等處的病原體，對預防呼吸道疾病及控制飛沫、氣流傳播疾病有重要意義，還具有降低舍內氨氣濃度和防暑降溫的作用；常見的誤區是根據畜體或設備的表面是否可見消毒液判定消毒操作的成敗，而不是根據霧滴在舍內的懸浮時間，所選擇消毒藥殺滅病毒、細菌的有效時間來判定。
飲水消毒
可殺滅畜禽飲用水中的病原體并凈化腸道，對預防消化道病有積極意義；常見誤區是為了保證畜群沒有腹瀉，持續飲用消毒藥，對消毒藥飲水時的酸堿度很好的關注，以致于傷害到動物體內正常的微生物群。一般情況下，偏酸性環境對動物的生長發育及飼料的消化吸收有積極作用。
環境消毒
包括對畜牧場地面、門口過道及運輸車等的消毒；常見的誤區是不能正確地更換消毒藥，出現酸堿中和的問題；冬季時伺未能考慮環境溫度對消毒藥消毒效果的影響因素而隨意更換消毒藥。
二、消毒液選擇不當
選擇消毒藥時不是針對畜牧場面臨問題的目標病原，而是過多地考慮成本因素，選擇一些炒作概念、同藥異名、價格低廉的消毒藥。
三、忽視了影響消毒的因素
選擇消毒藥時未考慮消毒藥對環境溫度、相對濕度、有機物污染程度的要求，在寒冷的冬季選擇了低溫下無或很低消毒作用的火堿，在干燥、低溫條件下使用福爾馬林熏蒸消毒等錯誤做法，不可能獲得消毒效果的。
溫度
一般情況下，消毒液溫度高，消毒效果可加大。實驗證明，消毒液溫度每提高10 ～12 攝氏度。殺菌效力增加1倍。另外，在熏蒸消毒時，需將舍溫提高到20攝氏度以上，才有較好的效果， 否則效果不佳。
濕度
很多消毒措施（氣體消毒）對濕度的要求較高，如熏蒸消毒時需將舍內濕度提高到60 %～70 %，才有效果；生石灰單獨用于消毒是無效的，需灑上水或制成石灰乳等。
污物或殘料
灰塵、殘料（ 如蛋白質） 等都會影響消毒效果，尤其在進雛前消毒育雛用具時，一定要先清洗再消毒，不能清洗消毒一步完成，否則污物或殘料會嚴重影響消毒效果，使消毒不徹底。
四、消毒液的濃度和劑量不準確
消毒液濃度并不是越高越好。濃度過高一是浪費，二會腐蝕設備，三還可能對畜群造成危害。另外，有些消毒藥濃度過高反而會使消毒效果下降。消毒液用量方面，在噴霧消毒時按每立方米空間30毫升為宜，太大會導致舍內過濕，用量小又達不到消毒效果。
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