黑豚鼠性成熟早，一般母豚35～45日齡，公豚70日齡就有性征表現，但母豚最好在70日齡后再配種繁殖。
性別鑒別用手壓迫會陰部，看有無陰莖出現和外陰部形狀，即可確認公母。捕捉檢查時，用右手按住黑豚鼠的背部，用拇指握住其左肩，其他4指握住右肩及胸部，這樣輕輕拿起來后用左手托住它的身體。
選種種豚要選擇體態豐滿，骨粗壯、肢形正、眼明亮，營養狀況發育良好，毛色光亮，皮膚柔軟有彈性，公豚睪丸對稱，大小一致，母豚外陰發育正常。
交配黑豚鼠發情持續時間為1～18小時，平均9小時，發情時間大多在下午5點至次日凌晨5點之間，母豚發情交配后，陰道口有明膠樣的混合物，根據這種栓塞物的有無，可以判斷黑豚鼠是否交配成功。一般情況下，留作原種繁殖的黑豚鼠，都采用一公一母的交配法進行，即每個養殖池只放1對種豚，母豚應在幼豚斷乳后，再讓它們同居繁殖。可以在母豚產仔后的半天內把公豚放入進行血配。配種率、繁殖率都高。大群飼養時多采用3～4只母豚放入1只公黑豚鼠進行交配，切忌放入2只公豚，以防格斗而影響配種。
生育母豚性周期為16天，發情持續時間為1～18小時，平均為9小時。母豚妊娠期為56～68天，懷仔數為3～5只，多的可達6～9只。幼豚15天后斷奶，斷奶后分開喂養，通常情況下60～80天飼養即可達到商品鼠要求。妊娠期間，除了提高飼料的數量和質量外，場地要保持安靜、清潔，閑雜人員不能隨意出入。要保證日糧新鮮，少喂多餐。妊娠后期要在籠內放置干草，讓母豚營巢準備分娩。仔黑豚鼠的哺乳期夏季為15天，冬季為20天，哺乳期應增加母豚的飼料營養。黑豚鼠繁殖率高，免疫力強，種豚利用年限為3年，在飼養過程中無需免疫接種和藥物防治。
