選種是果子貍養殖場的一項經常性工作，每年至少進行3 次選擇，即初選、復選和精選。
1.初選
5一6月份對成年果子貍根據選擇標準進行初選。當年幼貍在斷乳時，根據同窩仔貍數、生長發育情況，出生早晚進行初選。要求選擇出生早(雄仔貍在5月5日前，雌仔貍在5月10日前)、發育正常、譜系清楚、采食早而旺盛的仔貍。
在初選時，凡是符合選種條件的成年果子貍全部留種，仔貍應比計劃數多留30%一50%。
2.復選
每年9-10月份進行。是根據脫毛、換毛、生長發育、體況恢復情況，在初選的基礎上進行復選。成年種貍，初選的多數不變，只是淘汰少數有病或體質恢復較差的種貍。對育成果子貍(幼貍)，則要選擇發育正常、毛絨品質好、體質健壯、體型適中和換毛早的個體留種。在復選中種貍數應高于計劃留種數的20%一25%，為精選打好基礎。
3.精選
在每年11月份屠宰取皮、肉類加工之前進行。對所有預選種貍進行全面鑒定，最后按計劃精選定種貍群。
在精選數量上，應優先選留成年，不足部分用幼貍補充，當年幼貍的比例不趕過貍群的30%。最后保持種貍群公母比例為1:3或1:2。
引種應在11月份進行，引種過早果子貍應激反應強烈，適應環境能力差，抗病力低。弓}種太晚將對翌年的繁殖帶來很大影響。
