在11 月當水溫降至12 ℃ 時，鱷龜即潛入池底泥沙中，不吃不動，進入冬眠狀態，以此度過長達半年之久的冬季。一直要到第二年的4 月，水溫上升到15 ℃ 左右時才開始復蘇，但這時的體重已減輕了10 ％-15％，如果鱷龜冬眠前體質差，冬眠期間就會死亡，勉強越冬過來的不久也會染病而死。所以，鱷龜的越冬管理是鱷龜人工養殖的一個重要環節，特別是稚鱷龜和親鱷龜。
越冬前的強化培育是幫助親鱷龜產后恢復、增強稚鱷龜體質的一個有效措施。越冬前的一二個月投喂的飼料增加一些動物性飼料，配合飼料中添加3 ％-5 ％的植物油、2 ％-3 ％的復合維生素等，促使其體內積蓄一定量的脂肪，滿足越冬期間的能量需求。對后期稚鱷龜要采取保溫、加溫措施，提高水溫，強化培育20-30 天。否則，露天養殖時一旦進人越冬狀態，其成活率就毫無保障。
選擇好的越冬場所。親鱷龜選擇陽光充足、避風、環境安靜的池塘，池底鋪20-30 厘米的軟泥。稚鱷龜最好在室內池中越冬。
越冬期間調節好水位、水質。適宜越冬的水溫為4-8 ℃ 。2005 年浙江某鱷龜養殖場利用塑料大棚越冬，3 月上旬，發現部分鱷龜在砂上伸長脖子而死。主要原因是由于大棚內水溫高達13 ℃ ，鱷龜池水面長滿厚厚的浮萍，在這樣的環境下，鱷龜的代謝仍旺盛，體內儲存的營養物質消耗過多，體質虛弱，13 ℃ 的水溫下活動能力又很弱，沒有能力躥出水面呼吸空氣，只能靠輔助器官呼吸水中的氧氣，由于浮萍的覆蓋，水中植物光合作用極少，空氣中的氧氣從表面溶人也被阻斷，故水中溶解氧得不到補充，造成鱷龜缺氧，窒息而死。
越冬期間的水位應保持在1 . 5 米左右，1-2 月調換部分池水，保持鱷龜池周圍的環境安靜，以免鱷龜在水中受到驚嚇，逃來逃去，消耗能量。另外，還必須保持水質有一定的肥度。
