有了種源要逐漸建立優良繁殖種群，所以要進一步對成年蛤蚧和卵進行選擇，以優良個體組成種群，不斷提高種蛤蚧的體重和產卵量，從而提高飼養蛤蚧的經濟效益。

１．選種標準　一般成年體蛤蚧體長由吻部至泄殖腔孔１２～１６厘米，尾長１０～１４．５厘米，體重６０～８０克，最重的可達１００克以上。選留種蛤蚧體長應在１５厘米以上，體重應在７０克以上，達不到這一指標的應另群飼養，做商品處理。在繁殖方面，一般１只雌成體蛤蚧一年產２枚卵，但在人工飼養條件下，由于飼料充足、營養豐富，有的個體一年可產２次卵，每次產卵２～４枚。根據這一情況，在達到體重、體長標準的個體中，選擇每年產卵２次的或１次產卵２枚以上的。經過一代代選種選育，經５～８年就可以培育出一個體型大、繁殖強的優良種群。

２．選種方法

１）成體選擇　

２）對卵的選擇　一般個體大的雌蛤蚧產的卵大，體質好的雌蛤蚧產的卵亦大，所以種用卵應選擇６．５克以上的卵單獨孵化。大卵孵出的幼蛤蚧亦大，可以做種蛤蚧培育。６．４克以下卵孵化出的幼蛤蚧可以作商品蛤蚧培育。

３）對幼體的選擇　蛤蚧當年卵自然孵化期平均１０５天，人工孵化條件下，孵化期７０天左右，選擇６．５克以上的卵，在人工孵化條件下，孵化期７０天以內出殼的幼體，出殼重在４．５克以上的可以作種蛤蚧培育，孵化期超７０天或出殼時體重達不到４．５克，應歸商品群飼養。因為出殼早的個體健壯、出殼重的生長快、個體大。

經以上三種方法選擇，一般經三代，蛤蚧種源品質能大大提高。

３．雌、雄配比及種卵選擇　成體雌、雄配比要適當，這樣卵的受精率就高。實驗表明，雌、雄配比在（３～５）∶１的情況下，自由交配，卵的受精率較高，所以在人工飼養條件下，種蛤蚧雌、雄配比以５∶１為好。孵化以前要對蛤蚧卵進行選擇，發育正常的卵剛產出為白色，經過２０天左右變為淺肉色或肉色，此時若打開卵，可見卵黃上有大量的白絲呈網狀分布，約１個月變為鉛灰色，約２個月后卵變為淺灰黑色，直到３個月后幼體破殼而出，此時的卵殼呈血紅色。在胚胎發育過程中，用手持卵均有重量感，無論何時稱重，失重均不超過１／５，這樣的卵屬于正常卵。如失重率超過１／５，很可能為死胎。蛤蚧有時也產軟殼卵，因軟殼卵細菌容易進入和表面容易發霉而不能投入孵化。無精卵外殼白色，還有一些特別小的卵，屬畸形卵，不能入孵。