診斷銀魚病應采取由表及里的方法，即先檢查銀魚體外部，再檢查銀魚體內部；每一部位的檢查，都是先用肉眼檢查（簡稱目檢），然后用顯微鏡檢查（簡稱鏡檢）。著重檢查病銀魚的體表、鰓、腸道，這就是“三查”。  

查體表　據一般經驗，病銀魚體表充血、發炎、鱗片脫落是赤皮病；若病銀魚鰓蓋或鰭基部充血，表皮充血不明顯，肌肉呈點狀充血或塊狀淤血是出血病；病銀魚腹部膨大，肛門紅腫呈紫紅色，輕壓腹部有乳黃色液體流出是腸炎病；尾柄及腹部兩側有火烙樣的紅斑或表皮腐爛是打印病；生有棉絮狀的白色物是水霉病；體表黏液較多并有小米粒大小、形似臭蟲的蟲體是銀魚虱病；體表有白色亮點，離水2小時亮點消失是小瓜蟲病；體表有白色斑點，白點之間有出血或紅色斑點是卵甲藻病；部分鱗片處發炎紅腫，有紅點并伴有針狀蟲體寄生是錨頭銀魚蚤病；銀魚成群在池水表面或池塘周邊狂游，且頭部充血呈紅色，死亡多且迅速，一般是車輪蟲病；病銀魚尾柄表皮發白是白皮病；病銀魚在水中頭部或嘴部明顯發白，離水后不明顯是白嘴病；銀魚下唇突出呈簸箕口狀，則是因時常缺氧浮頭引起；病銀魚眼球突出、脫落，且鱗片松立，一般為池水有毒所致；銀魚體呈彎曲狀是池水中重金屬離子含量較高或有機磷中毒所致。  

查鰓 打開銀魚鰓蓋，檢查鰓有無異樣，正常的鰓絲整齊、緊密，呈鮮紅色。鰓絲腐爛發白，尖端軟骨外露，并有污泥和黏液是爛鰓病；鰓絲發白呈貧血狀，很可能是鰓霉病或球蟲病；鰓絲末端掛著像蠅蛆一樣的白色小蟲是中華銀魚蚤病；鰓部浮腫，鰓蓋張開不能閉合，鰓絲呈暗淡色是指環蟲病；鰓絲呈紫紅色并伴有大量黏液多為有機氯中毒所致；鰓絲呈紫紅色，黏液較少則為經常缺氧浮頭所致。  

查腸道 打開病銀魚腹部，正常的銀魚腸管中充滿了食物或糞便，腸壁呈鮮紅色。腸管全部或部分充血呈紅色，腸壁不發炎是出血病；充血發炎且伴有大量乳黃色黏液是腸炎病；腸道呈白色且前段腫大，腸內壁有許多白色絮狀小結節為球蟲病或黏孢子蟲病。  

根據“三查”所掌握的有關情況，再結合發病季節進行綜合分析，就可以比較準確地診斷銀魚病，從而做到對癥下藥，收到藥到病除的效果。