中華鱘養殖用的飼料分為天然餌料和配合飼料，有幾種采用不同飼料的養殖方式：一種是從幼魚到成魚都用天然餌料飼養；另一種是在稚、幼魚階段用天然餌料飼養，養殖至一定大小后轉食配合飼料；還有一種是把配合飼料與天然餌料混合使用，相互補充，以充分利用當地資源，降低生產成本。選擇哪種方式養殖必須根據當地的飼料條件，因地制宜，其中第二種方式由于適用地區廣和適應于規模化生產，被大多數養殖企業所采用。
①天然餌料。野生的中華鱘以水生寡毛類、水生昆蟲幼蟲、浮游生物、沙蠶、小魚、蝦、蟹、蜆等為食。天然餌料就是這類動物的鮮活品或冷凍品。天然餌料的優點是適口性、誘食性強，營養豐富全面，活飼料在水中能長期存活，不污染水質，在有的地區價格低廉。缺點是來源不穩定，不易貯存，品質不一，由于含水量高，成魚養殖飼料系數高，用量大。
②配合飼料。配合飼料是將多種飼料原料根據其蛋白質等主要營養成分的含量和魚類對營養的要求進行混合，并補充一些不足的成分，如維生素、礦物質和某些氨基酸等，通過一定的加工工藝生產的人工飼料。中華鱘是口下位的底棲性魚類，適合其使用的是沉性飼料。根據飼料加工的形態不同可分為軟顆粒飼料、半濕性顆粒飼料和硬顆粒飼料。此外根據中華鱘不同生長發育階段的營養需求和攝食特性及飼料粒徑又可將飼料分為開口飼料、稚鱘飼料、幼鱘飼料、成鱘飼料等。
隨著中華鱘養殖日趨規模化和集約化，使用配合飼料有很多好處：一是配合飼料所含營養比較全面，能滿足不同階段魚生長發育的需要；二是配合飼料含的干物質充足，僅需較低投喂率即能達到較高的生長速度；三是通過加工能減少飼料營養成分在水中的散失，提高飼料利用率，降低飼料系數；四是飼料原料不受季節限制，可長期大量提供，并便于運輸和貯藏；五是經濟效益高。全面權衡，配合飼料增重率比天然餌料高，成本比天然餌料低。因此在一定生產規模的情況下,使用配合飼料是經濟而科學的。
