一般來說，酸軟、緩慢、潔凈、導電度低，大概是我們常常可以聽到的說法，而事實也是如此。因此，如何「持續」的把水質一直控制在上述的水質，是我們要一直努力的的。若水質偏堿性，重金屬含量高，魚而發生疾病的機會較高；不僅如此，魚兒也會顯得較為不安與焦躁。不過，就算是水質控制良好的情形下，魚而還是有可能會生病的。說起來短鯛的疾病絕大部分在筆者個人的經驗都是水質不良所引起居多，少部分是由于管理時的不當所引起。
按照一般的分類方式，可分為體內、以外兩大類。體內意味著體內蟲作怪，使得魚兒拉白便、拖便等。體外疾病如夾尾等我們會把他視為下體外的藥。不過事實上疾病的發作點是不分體內外的，夾尾也不一定是體外的疾病。例如頭洞病來說，一般會視為由體內六鞭毛蟲所引起的疾病；然而如果體表已經有潰爛等癥狀，其也必須下體外的藥以防止二次的感染。以下簡單的敘述短鯛的疾病與治療方式；不過，良好的水質最治本的方式。
一.駝型線蟲
紅色的東西就是駝型線蟲。
原因：魚兒本身若在養殖場有喂食活餌，中標的機率較大，有些帶菌的黑殼蝦也會引起。
癥狀：魚兒屁屁露出紅色會動的東西。嚴重魚兒出現食欲不振，最后拜拜。
治療：Levamisole25公升一顆，下太重魚兒會不太動，沒有精神。
治愈機率：難。
二.頭洞病
初期很像青春痘。
中期已經開始腐蝕頭部。
原因：通常會說是因為營養不良，以及魚兒緊迫，造成魚支體內的體內的六鞭毛蟲不正常增生所引起，但筆者經驗水質不良或是餌料不潔才為主因；魚兒因為營養不良或緊迫而發病的機會反而較少。
癥狀：頭部兩眼之間出現凹陷或是類似人類的青春痘流膿狀。初期類似白點般出現在于兒的兩眼正中間，然后逐漸擴大，腐蝕頭部肌肉，魚而漸漸食欲不佳，腹部凹陷，虛弱而死。
治療：
1.or2.and3.
1.體內蟲用藥 water life octozin 或 KD3，劑量依包裝所指示服用。
2.頭洞病專門用藥 巴克林 日本制（德河）。
3.日本黃藥以防止潰爛傷口二次感染。
治愈機率：難。
