1、補苗：栽后前3年，應及時補苗。一般補苗2次，第1次在當年秋季，第2次在翌年雪化后未發新葉前。
2、除草： 栽種當年和次年，及時除草松表土，每年除草4-5次，也可用化學除草劑進行滅草，每畝用50%撲草凈150-300克或25%的敵草隆200-300克，或10%的除草醚125克，效果明顯。移栽3-4年的黃連，每年除草3-4次，第5年1次。第3-5年除草時應結合松土。
3、追肥與培土： 栽后2-3日用稀薄豬糞水或腐熟菜餅水灌苗，也可用細碎堆肥，或廄肥每畝1000公斤左右撒施。當年9-10月，第2-5年采種后和第2-4年9-10月各施肥1次，前后共8次。春季追肥每畝用人糞水1000公斤或腐熟菜餅50-100公斤（加水1 000公斤）；也可用尿素10公斤和磷酸鈣20-30公斤，與細土或細堆肥拌勻撒施。秋季追肥以農家廄肥為主，兼用草木灰、油餅等肥料，撒施畦面，厚約1厘米，畝施量1500-2000公斤。斜坡上部和畦邊易受雨水沖刷處，適當多施。黃連，第2-4年秋季追肥后還應培土，用細腐殖質土撒于畦面。第2-3年培土約1厘米厚。第4年1．5厘米。雅連，第2、3年春季各除草施肥1次，每畝用油枯100公斤，尿素2．5公斤與600公斤細腐殖土混合均勻，撒在畦面上，培土覆蓋。除栽種當年不培土和收獲之年春季培土1次外，其余各年春、冬季除草松土外都應培土。厚約3厘米。云連，每年夏初和晚秋各進行1次追肥。海拔高的地區，每畝施森林山積土5000公斤，同時拌草木灰250公斤，撒于畦面。海拔低及離村子近的地區，畝施農家肥1000-1500公斤。
4、摘除花苔： 除留種植株外，從第2年起，及時摘除花苔。
5、蔭棚管理： 栽后當年郁蔽度為80-85%。從第2年開始郁蔽度逐年減少，第4年減至40-50%。第5年采收種子后拆去棚蓋，增加光照。林間栽連栽后第1-2年郁蔽度較大。從第3年起應注意疏枝，郁蔽度為50%左右。每年冬、春應鏟斷樹干周圍深20-30厘米的樹根。雅連，每年霜降時，上冬土后，將棚架（順桿和橫桿）及其上面的蓋材一齊放下，依次有序地平鋪畦面，把黃連植株蓋住。春季雪化解凍后，及時復架。復架方法和要求同搭棚。
