治理藍藻可采用投放魚苗、潑灑無機磷、使用活性炭等方式。
投放魚苗：鰱魚、鳙魚等濾食性魚類會將藍藻作為食物，向水域中投放這些魚種能夠有效抑制藍藻的繁殖。
潑灑無機磷：潑灑無機磷可改變水中的氮磷比例，加速有益藻類的生長，抑制藍藻滋生。
使用活性炭：活性炭的吸附力較強，可吸收藻類產生的毒素，但使用后難以回收。
一、有效治理藍藻的方法
1、投放魚苗
（1）向水域中投放適量的鰱魚、鳙魚、羅非魚等濾食性魚類，這些魚類會將藍藻當作食物，對藍藻的抑制效果較好。
（2）投放時要控制好密度，以防魚種之間互相殘殺，或由于密度過大造成擁擠。
2、潑灑無機磷
水域中的氮、磷含量過多時，藍藻便會爆發性繁殖，此時要潑灑適量的無機磷，以改變水中的氮磷比例，加速綠藻、硅藻等有益藻類的生長，從而抑制藍藻的滋生。
3、使用活性炭
（1）池塘中出現大量藍藻時可投放活性炭，活性炭具有較強的吸附力，可吸收藻類產生的毒素。
（2）該方法要慎用，因為水體中的有機物會影響到活性碳的作用，且使用后難以回收。
二、藍藻和細菌的區別
1、藍藻
（1）細胞器為核糖體，沒有線粒體、高爾基體、內質網、葉綠體、液泡、中心體等細胞器。
（2）含有葉綠素a，無葉綠素b；含有數種葉黃素、胡蘿卜素，除此之外還含有藻膽素（藻藍素、藻紅素、別藻藍素的總稱）
（3）光合作用系統中具有葉綠素a與光系統Ⅱ，以水為電子供體，釋放出氧氣。
2、細菌
（1）屬于原核生物，細胞結構較簡單，缺乏細胞核、細胞骨架、膜狀胞器，比如線粒體和葉綠體。
（2）細菌沒有明顯的核，其細胞壁和普通植物細胞的細胞壁比較相似，但它沒有葉綠素。
