鰻魚常見的疾病包括鰓腎病、肝腎病、赤鰭病、爛鰓病等。鰻魚得了鰓腎病使用抗菌素藥物基本是無效的，在發病初期就需要投入食鹽，使池水達到0.4%-0.7%的濃度就有效果，近海灌進海水也是會有效，在并發其他疾病時，應用其他藥物來兼治。鰓腎病流行時，可能導致毀滅性死亡。
一、鰓腎病
1、發病癥狀：腮腎病的外觀看不到明顯的癥狀，腮部腫脹，腮呈暗紅色，鰓瓣肥厚、黏連，腮葉出血，化驗室血漿檢查，氯離子明顯低于健康鰻魚。該病流行時，可能導致毀滅性死亡。
2、防治方法：腮腎病使用抗菌素藥物基本無效，在發病初期投入食鹽，使池水達到0.4%-0.7%濃度有效，近海灌進海水也有效，在并發其他疾病時，應用其他藥物兼治。
二、肝腎病
1、發病癥狀：肝腎病又稱愛德華氏病，由愛德華氏菌屬細菌引起，發病溫度15℃，發病高峰溫度25-30℃，是常見病害，且比較嚴重，病菌侵襲部位為肝、腎，分肝型和腎型兩種，白仔、黑仔階段腎臟型較多，成鰻階段肝臟型較多，解剖可見肝腫大或潰爛，皮膚、肌肉潰瘍穿孔，腎臟明顯腫大堅實。
2、防治方法：
（1）白仔馴化階段應徹底消毒，清洗蚯蚓。
（2）定期用30毫克/升的福爾馬林、3-5毫克/升呋喃唑酮藥浴。
（3）白仔階段可降溫到25℃以下，盡量轉投配合飼料。
（4）用抗菌素拌餌料喂食，每噸鰻魚30-50克，喂食5-7天。
（5）大蒜素、氟哌酸以每千克食物3~5克藥餌喂食，連續5~7天。
三、赤鰭病
1、發病癥狀：赤鰭病是由嗜水氣單胞菌和斑點氣單胞菌引起的，病鰻皮膚、鰭充血、出血，明顯變紅，嚴重時會潰爛，肝、脾腫大，死亡率高，一年四季發生，其中春夏季節嚴重，鰻種及成鰻多發生。
2、防治方法：
（1）清理池塘時，徹底清除池底污泥，用30%-40%的石灰水全面灑在池底、池墻上，或用2毫克/升的漂白粉浸洗池塘5-7小時。
（2）鰻種轉池投入前用3%-5%的鹽水浸泡10-15分鐘，或用5-6毫克/升呋喃西林浸泡30分鐘以上。
（3）發病的池塘用25-30毫克/升的福爾馬林消毒池塘，或者用1-2毫克/升的呋喃劑潑灑消毒。
（4）給鰻魚口服抗菌素藥物。每千克重魚體用磺胺類藥物100毫克（首次加倍），四環素、霉素、氯霉素各20毫克，呋喃劑4毫克，混合飼料喂食，每天1次，連續5-7天。
四、爛鰓病
1、發病癥狀：爛鰓病由細菌和寄生蟲侵入鰓部引起，病鰻外觀幾乎看不到異常，病魚離群獨游，浮頭，打開鰓瓣，鰓絲組織破壞，缺損大，隨著病情的發展，用手指輕輕壓病鰻鰓部，會有血水黏液流出，貧血，呈白色，肝臟變黃白色，多發生于高溫時期 ，主要危害成鰻，鰻種少發生，零星死亡，投料量過多、吃得過飽是該病發生的誘因。
2、防治方法：
（1）防止過度喂食，發病時停喂或少投配合飼料，在有生餌的地方改用生餌飼喂。
（2）使用抗菌素、磺胺類藥物、呋喃劑等藥物，混合飼料內服，使用量與赤鰭病相同。
（3）用呋喃劑、福爾馬林潑灑，用0.8-1毫克/升高錳酸鉀潑灑水池或0.5%的鹽水洗澡也有一定的療效。腮邊檢查發現有線蟲和其他寄生蟲危害時，應用0.2-0.4毫克/升敵百蟲潑灑，每隔2-3天再使用1次，連續2-3次。
