1、技術(shù)性貿(mào)易壁壘屢出現(xiàn)。自烏拉圭談判之后，日本以非關(guān)稅壁壘形式出現(xiàn)的技術(shù)貿(mào)易壁壘在中日食品貿(mào)易中的影響日益明顯，尤其是2006年5月29日，日本《肯定列表制度》實施以來，不斷修訂農(nóng)藥殘留限量。針對中國大豆農(nóng)殘超標的問題，日本2012年采取了多項技術(shù)性貿(mào)易措施，加強了對中國大豆的檢驗006-2012年出口日本大豆被扣留的原因呈品種增加、種類擴大的趨勢，包括微生物、殺菌劑、殺蟲劑和除草劑。而造成我國輸出大豆被檢出不合格的原因主要是大腸桿菌、細菌等微生物招標，2007年后主要是農(nóng)藥和微生物超標，2012年殺菌劑苯醚甲環(huán)唑超標占了較大比重。雖然我國近年采用許多應(yīng)對措施，并提高了標準化生產(chǎn)程度，但輸出日本大豆被扣的批次未見減少。 

2、價格相對較高。中國大豆價格較北美國家高，主要受以下因素影響：大豆主產(chǎn)區(qū)減產(chǎn)；種植成本逐年增加，如肥料等價格逐年上漲；國家收購儲備大豆的措施，使大豆價格上漲。日本實施肯定列表制度后，中國出口企業(yè)為了達到日本的檢測標準，新增了高科技的檢測設(shè)備，并新增了額外的檢測人員和檢測資金，這些成了出口企業(yè)新增的成本，大豆的出口價格也就因此上漲了。價格影響需求，中國大豆價格的提高會影響日本對其消費量。    

3、來自他國大豆的競爭。作為三大大豆出口國的美國、巴西和阿根廷擁有廣闊且肥沃的土地，且相對集中，便于機械化大規(guī)模生產(chǎn)，單產(chǎn)高。近年來，為了迎合日本市場對非轉(zhuǎn)基因大豆的需求，這些國家加大對農(nóng)業(yè)技術(shù)的投入，對大豆做了大量的優(yōu)秀品種改良，并研制高質(zhì)量低價格的具有國際競爭力的非轉(zhuǎn)基因大豆，以此打開日本市場。通過一系列措施來降低成本，像巴西政府把全國的豆農(nóng)組成農(nóng)場聯(lián)合體，負責(zé)統(tǒng)一購買種子、化肥等生產(chǎn)資料，既節(jié)約了成本，又有利于實現(xiàn)同品質(zhì)大豆規(guī)模化生產(chǎn)。這些原本只出口轉(zhuǎn)基因大豆的國家也加入了對日本出口非轉(zhuǎn)基因大豆，這樣中國大豆的優(yōu)勢就沒那么明顯了，甚至失去了競爭力。   

4、定價機制不盡合理。在中國，只對特殊的大豆簽訂合同栽培，這些大豆可以提前（播種前）定價。在大豆收割前，農(nóng)民也不知道其單價，這使日本商社及廠家想購買時卻無法定價。這使客戶不會等著我國豆農(nóng)定價后買大豆，自然就去買其他國家的大豆了。